安装MUMmer4

最新推荐文章于 2024-08-16 08:03:42 发布
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分类专栏： 各种软件安装问题 文章标签： 笔记
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版权

GitHub网址：

https://github.com/mummer4/mummer/blob/master/INSTALL.md

安装：

 wget -c https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gz
##解压
tar -zxvf mummer-4.0.0rc1.tar.gz

cd mummer-4.0.0rc1/
##配置文件
./configure --prefix=/path/miniconda3/envs/drep/mummer-4.0.0rc1
##通过make工具进行编译软件
make

 安装完成

    

Tiaoxiaobai
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.
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欢迎订阅微信公众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑QQ群：32798724 mummer具有一定的历史了，应该最早发表于1999年，是最早的全局比对软件，因为之前序列都比较短，以局部比对软件为主。mummer的出现，让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多，有很多非常好用的小工具，例如dnadiff，但这同时也增加了学习成本。mummer的...
MUMmer:版本3.23
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-=-MUMmer3.x自述文件-=- **注意** docs / web / manual子目录或提供了全面HTML用户手册。 MUMmer现在是一个开源软件包！ 如果您想为MUMmer项目做出贡献，请与我们联系。 有关更多信息或最新版本，请访问MUMmer主页，为 请参阅INSTALL文件以获取安装说明。 该文件包含基本目录中所有可执行文件的简要说明以及有关MUMmer软件包的一般信息。 -描述-MUMmer是一个用于快速比对整个基因组的系统。 当前版本（版本3.0）可以在典型的1.8 GHz Linux台式计算机上使用90 MB的内存，在20秒内找到约500万个碱基对的两个细菌基因组之间的所有20个碱基对的最大精确匹配。 MUMmer还可以比对不完整的基因组。 它可以轻松地处理a弹枪测序项目中的100或1000个重叠群，并使用系统附带的nucmer实用程序将它们与另一组重叠群
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20190727，在学习二代分析的过程中，只是根据别人已经建好的轮子照抄照搬，并不能真正理解每一步为什么要用这个软件，以及软件之间的区别。因此今天记录一些生信分析过程（主要是二代测序）中常用的软件，若有时间去查看一下每个软件的功能、官方介绍和算法等。 不按顺序的杂乱记录 sd linux安装软件 R, tanperl5lib, augustus-3.3.2, bamtools-2.4.2, bed...
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在2年之前我写过一篇教程介绍MUMmer软件的使用方法，可以通过如何使用MUMmer比对大片段序列阅读。 MUMmer作为一个比对工具，它的主要功能就是寻找两个序列的相似之处，至于如何展示结果，并不是它的主要目标。这篇文章将会介绍如何基于MUMMER的输出结果进行可视化。 首先是下载数据，我们用细菌的基因组作为案例 wget http://mummer.sourceforge.net/examp...
翻译代码#####################Find the relevant software in the systerm######################## my $nucmer="/usr/bin/nucmer"; my $deltaFilter="/usr/bin/delta-filter"; my $showcoords="/usr/bin/show-coords"; my $minimap2="/usr/bin/minimap2"; if (($MappingSoft eq "mummer") or ($MappingSoft eq "nucmer")) { # mummer-4.0.0/bin/nucmer # mummer-4.0.0/bin/delta-filter # mummer-4.0.0/bin/show-coords if ( !(-e $nucmer) ) { $nucmer=`which nucmer 2> /dev/null `;chomp $nucmer; } if ( !(-e $deltaFilter) ) { $deltaFilter=`which delta-filter 2> /dev/null `;chomp $deltaFilter; } if ( !(-e $showcoords) ) { $showcoords=`which show-coords 2> /dev/null `;chomp $showcoords; } if (defined $BinDir) { my $tmp="$BinDir/nucmer"; if (-e $tmp) {$nucmer=$tmp;} $tmp="$BinDir/delta-filter"; if (-e $tmp) {$deltaFilter=$tmp;} $tmp="$BinDir/show-coords"; if (-e $tmp) {$showcoords=$tmp;} } if ( !(-e $showcoords) ) { print "\tCan't find the mummer [show-coords] at \$PATH or \$BinDir\n"; print "\tplease Check at it\n";exit; } if ( !(-e $deltaFilter) ) { print "\tCan't find the mummer [delta-Filter] at \$PATH or \$BinDir\n"; print "\tplease Check at it\n";exit; } if ( !(-e $nucmer) ) { print "\tCan't find the mummer [nucmer] at \$PATH or \$BinDir\n"; print "\tplease Check at it\n";exit; } my $NumVer=`$nucmer -V `; chomp $NumVer ; my @ccc=split /\./,$NumVer; if ($ccc[0] <4 ) { print "found the $nucmer version is $NumVer < 4.0 , we need the 4.0\n"; print "\tplease Check at it\n";exit; } } else { if ( !(-e $minimap2) ) { $minimap2=`which minimap2 2> /dev/null `;chomp $minimap2; } if (defined $BinDir) { my $tmp="$BinDir/minimap2"; if (-e $tmp) {$minimap2=$tmp;} } if ( !(-e $minimap2) ) { print "\tCan't find the [ minimap2 ] at \$PATH or \$BinDir\n"; print "\tplease Check at it\n";exit; } } my $NGenomeSyn="$Bin/../NGenomeSyn"; if ( !(-e $NGenomeSyn) ) { $NGenomeSyn="$Bin/NGenomeSyn"; if ( !(-e $NGenomeSyn) ) { print "\tCan't find the [NGenomeSyn] at [ $Bin/..]\n"; print "\tplease Check at it\n";exit; } }
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