生物信息学
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Timothy飞
一人眺望碧海和蓝天
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samtools命令使用
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。1. viewview命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。 bam文件优点:转载 2017-09-12 10:14:49 · 936 阅读 · 0 评论 -
个人基因组比对及其变异分析
这里用到生物学软件有 1.bwa(主要用途1.建立参考基因组索引文件的。2.进行比对)类似的建立索引的软件有bowtie,hisat 一、基因组下载 下载参考基因组hg19,所在的网站如下: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz 下载至~/reference/genome原创 2017-10-29 21:36:51 · 9125 阅读 · 0 评论