GEOquery包常用函数

GEOquery

常用函数

1 getGEO

功能：从GEO数据库下载数据。

返回值：GDS/GSE/GSM/GPL。取决于GEO参数。

getGEO(GEO = NULL, filename = NULL, destdir = tempdir(),
GSElimits = NULL, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = FALSE, getGPL = TRUE,
parseCharacteristics = TRUE)

参数	注释
GEO	决定下载的数据种类。GDS,GSE,GSM,GPL
filename	如果已经下载好了文件，直接读取
destir	读取文件所在的位置，或是下载的位置。默认为工作目录。
GSEMatrix	若为TRUE，则下载Matrix文件；若为FALSE，则下载SOFT文件。默认为TRUE。
getGPL	若为TRUE，则下载GPL注释文件；若为FALSE，则不下载。默认为TRUE

2 getGEOSuppFiles

getGEOSuppFiles(GEO, makeDirectory = TRUE, baseDir = getwd())

功能：下载supplementary data。包含raw data。

返回值：supplementary data。

参数	注释
GEO	下载GSE的supplemental files
makeDirectory	若为TRUE，则默认新建文件夹并下载到里面；若为FALSE，则直接下载到工作目录。默认为TRUE。
baseDir	指定下载目录，默认为工作目录。

3 gunzip

功能：解压缩gz格式的文件。

返回值：从gz压缩文件中提取的文件。

gunzip(filename, destname = gsub("[.]gz$", "", filename), overwrite = FALSE,
remove = TRUE, BFR.SIZE = 1e+07)

参数	注释
filename	需要解压缩的文件名，可以为list。
destname	解压缩之后的文件名。默认去除.gz$
overwrite	是否覆盖重名文件。默认为FALSE
remove	解压完是否删除原文件。默认为TRUE。

4 citation(“GEOquery”)

citation("GEOquery")

引用GEOquery