如何用WGDI进行共线性分析(一点五)

在如何用WGDI进行共线性分析(一), 我们基于blastp的结果绘制了点图，之后用 -icl 模块进行进行共线性分析，得到了 collinearity 结果 。后面就直接基于该文件开始计算ka/ks，然后绘制ks plot.

但是，在那篇教程的时候，我其实还有一个问题，就是能不能直接根据 collinearity 结果绘制点图呢？在WGDI提供的流程示意图中，没有这一分支

虽然自己写代码实现也不复杂，但是为了避免重复造轮子，我们使用了JCVI的图形模块绘制dotplot

jcvi.graphcis.dotplot 能够使用mcscan的输出(.anchors)绘制点图, 其中anchors格式的定义比较简单，就是3列，分别是两个物种的基因和LAST计算的score。

而 wgdi输出的collinearity也是两个基因对的信息，因此很容易将collinearity的格式转成jcvi定义的anchors格式

awk '{if ($0~/^#/ ) {print $0} else{print $1"\t"$3"\t"$5} }' ath.collinearity.txt  > ath.ath.anchors

接着将wgdi定义的gff转成bed

awk 'BEGIN{OFS="\t"} {print $1,$3,$4,$2,"0",$5}' ath.gff > ath.bed

调用dotplot绘制点图，输出是 ath.ath.pdf

python -m jcvi.graphics.dotplot ath.ath.anchors

之所以要写成ath.ath.anchors格式，是因为jcvi使用点来拆分文件名，得到的ath和ath，加上.bed后缀，就是要加载的bed文件信息。