irlba::irlba(mat, nDimensions, nDimensions): function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided by package ‘

水一篇。

报错信息为

 irlba::irlba(mat, nDimensions, nDimensions): function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix'

原因很简单，Seurat版本高了，Matrix和irlba版本没跟上

解决方法

先重启R或者Rstudio

然后卸载

remove.packages(c("irlba", "Matrix"))

最后安装

install.packages(c("irlba", "Matrix"))

UPDATE: 2024-07-03

如果是Seurat V4出现上述的问题，那么就得安装指定版本的Matrix和irlba了，代码如下：

# 需要编译Matrix
remotes::install_version("Matrix", version="1.6.1")
# 编译irllba
install.packages("irlba",type="source", force=TRUE)