miniprot:更快的蛋白比对基因组工具

在做基因组注释时，有些时候需要将近源物种的蛋白序列回帖到基因组上，之前用到GeneWise或者Exonerate，但是这两个工具的岁数都太大了，且速度也不够快。好在，李恒团队出手了，开发了miniprot，从命名上，就知道他会跟minimap一样高效，好用。

安装非常简单，仅依赖于zlib

git clone https://github.com/lh3/miniprot
cd miniprot && make

使用更加容易

第一步，建立索引。这里的ref.fna是参考基因组序列。之所以要这样子做，是因为miniprot需要将基因组翻译成氨基酸序列，这一部分比较费时间。

miniprot -t8 -d ref.mpi ref.fna

第二步，比对

miniprot -t8 --gff -d ref.mpi ref.fna > out.gff
# -t 8 线程设置为8
# --gff 输出为GFF格式

输出的gff文件就可以直接用IGV进行可视化，或者用其他软件解析，作为下游分析的输入。