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徐洲更hoptop
这个作者很懒,什么都没留下…
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从源码角度看R语言的format函数
真正把控结果展示,而不迷迷糊糊原创 2023-04-01 17:01:09 · 1005 阅读 · 0 评论 -
【R】如何合适的动态创建变量名
动态创建变量名的最好方式,应该就是列表了。原创 2022-11-03 11:09:12 · 807 阅读 · 0 评论 -
「Debug R」一个Seurat导致的Rstudio网页版经常被终止的bug
在网页版的Rstuio加载Seurat时,等待了很久都没有成功,刷新网页后就出现了如下的提示原创 2020-05-02 18:32:02 · 1592 阅读 · 3 评论 -
「单细胞转录组系列」如何从稀疏矩阵中提取部分数据进行分析
这一篇文章是回答知识星球中一位星友的提问,她的电脑内存有限,无法直接使用所有数据,只能分析部分数据数据清单其中raw_counts.mtx是以稀疏矩阵格式存放的表达量数据,文件为6.5G, 用普通的文本编辑器无法打开,我们可以用L...原创 2020-05-10 13:53:07 · 5053 阅读 · 2 评论 -
log化的TPM能做差异分析吗
能,但是看统计方法原创 2022-06-28 15:28:02 · 10502 阅读 · 1 评论 -
服务器上R调用png显示x11报错怎么办?
太长不读版- 治本的方法,服务器安装pango, 之后重新编译R语言- 治标的方法,在R的配置文件中增加`options(bitmapType='cairo')`原创 2022-06-28 15:26:36 · 2224 阅读 · 0 评论 -
使用非负最小二乘回(NNLS)归进行细胞类型转移
2019年发表在Nature上的文章【The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis】在方法部分提到,使用NNLS(non-negative linear-square)回归的方法分析两个细胞图谱数据集中相关细胞类型。这个方法,在我搜索的中文教程中都没有出现过,所以这里以两个pbmc的数据集为例进行介绍,如何复现文章的方法。10x的细胞数据集的预处理部分不做过多介绍, 如下代码以10x官网提供的数据为例libra原创 2022-03-29 09:21:13 · 3409 阅读 · 1 评论 -
macOS的configd占了我好多内存
在我没有启动多少应用的时候,macOS已经显示它使用了22.09GB内存。其中App内存是15.81GB, 我并没有打开那么多App.这估计跟configd有关,因为configd占用了20.55G内存。那么configd是真的占用了内存,还是就是声明自己会用到那么多内存呢?我尝试着调用了比较多的内存,直接用了29.3Gb内存cols <- 8189rows <- 320127mat1 <- matrix(data = 0, nrow=320127, ncol = 8189)原创 2022-02-27 10:06:01 · 4665 阅读 · 1 评论 -
MacOS的ARM64的R如何解决编译问题
处理gsl-config not found, lzma.h not found 的系列报错问题原创 2022-02-21 18:04:44 · 1207 阅读 · 0 评论 -
ARM架构的MacOS如何配置R语言分析环境
去年11月换了一台16寸Macbook Pro,用上了苹果自己开发的arm架构的M1芯片。换上新电脑后,一个重要的事情,就是配置好我的R语言分析环境,同时做一期视频教程了。本篇内容是视频教程的概要,详细版见视频。第一步,安装R语言,目前推荐Intel版本的R。相对于arm64版本的R,Intel版本的R虽然需要rosetta转译,存在性能损耗,但同时支持CRAN和Bioconductor里的预编译R包,在安装R包上会省事不少。第二步: 安装Rstudio。下载地址为 https://www.rstu原创 2022-02-04 11:04:07 · 4120 阅读 · 3 评论 -
创建CDF包 hursta2a520709cdf
调用函数时,遇到hursta2a520709cdf not available 也就是找不到的情况目前网络上找到资料都不够全面,详尽,正确的处理方法如下第一步,安装R包makecdfenv 并加载BiocManager::install('makecdfenv')library(makecdfenv)第二步, 在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL15048下载 GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF原创 2021-10-15 19:16:49 · 907 阅读 · 2 评论