Python Miniconda

miniconda下载

1. 百度搜索conda 清华
2. 进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua...
3. 找到"Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。
   "
4. Miniconda:     https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

conda与anaconda、miniconda的区别：

• Conda是一个包管理器;Anaconda是一个发行包
  conda可以理解为一个工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理。包管理与pip的使用类似，环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换
• Anaconda是一个打包的集合器皿，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，所以也称为Python的一种发行版。也可以理解：conda是包的管理，可以安装包（conda install samtools），删除环境（），查找等用法。
• 其实还有Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择

# 第一步下载

# 第二步安装
Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh 
# 按enter--三下空格--输入yes--按enter--输入yes
source  ~/.bashrc
# 激活配置

# 第三步：配置镜像
# 配置镜像(安装一次，镜像也只配置一次，注意不要复制错误！！！)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 执行完上述命令后，会生成~/.condarc

# 第四步：创建小环境并安装软件
# 创建名为rna的软件安装环境，同时安装python=2版本的软件
conda create -n rna python=2
# 出现三个done

# 查看当前conda环境
# 可以看到成功建立的rna
conda info --envs

# 激活/进入conda的rna环境，避免安装软件时安装到大环境
source activate rna
# 小环境创建成功，可以随便安装软件到小环境里啦

# 尝试
# 安装 sra-tools软件
conda search sra-tools  
conda install -y sra-tools  # done正确安装，且能调出软件help
......
source deactivate # 退出当前环境

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1. conda 激活名称为 myenv 的环境

$ conda activate myenv

2. conda 退出当前环境

$ conda deactivate

将退出当前环境，回到终端命令行

3. 列出环境列表

$ conda env list

 

base                  *  /Users/xxx/miniconda3
myenv                    /Users/xxx/miniconda3/envs/myenv

* 号所在行为当前环境

4. 创建环境

在终端输入命令，稍等片刻，输入 y

$ conda create -n myenv python
或者指定Python的版本
$ conda create -n myenv python=2.7

5.conda 安装包

$ sudo pip install opencv-python
或者
  conda install numpy scipy pandas
# 安装指定版本的包
  conda install numpy=1.1

6. 导出环境

先进入当前环境，输入命令

$ conda env export > environment.yaml

此命名只导出通过conda install 安装的包，需要导出pip install 安装的包，在终端执行命令

$ pip freeze > requirements.txt 

7. 从导出的 environment.yaml 文件创建环境

conda create -f environment.yaml -n myenv

8. pip 删除全部包

$ pip uninstall -r requirements.txt -y -v

-r 包列表文件， -y 不提示是否删除， -v 输出日志

9. conda 删除环境

$ conda env remove -n myenv

当前环境的包也全部被删除

10. 解决终端自动激活基本环境（base），在终端输入

	conda config --set auto_activate_base false

如果需要每次都自动激活，在终端输入

	conda config --set auto_activate_base true

安装Anaconda/Miniconda以后无法识别conda命令

 

1. 修改环境变量

   vim ~/.bashrc
   在最后添加：
   export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH
   注意具体的路径需要根据实际情况添加

2. 重启环境变量：

   source ~/.bashrc