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GROMACS运行参数整理(二)

Gromacs运行参数中文注释 中文注释仅供参考!!!

2017-10-29 14:21:51

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GROMACS运行参数整理(一)

Gromacs运行参数中文注释 中文注释仅供参考!!! 1.Preprocessing include = ... ; 指定拓扑结构目录 define = ... ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性...

2017-10-23 23:57:05

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GROMACS运行参数之em_real.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 官网:点击打开链接 李老师博客:点击打开链接 蛋白质配体复合物模拟能量最小化过程中需要用到输入文件em_real.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。 ###em_real.mdp### ; LINES STARTING WITH...

2017-10-01 18:38:52

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GROMACS运行参数之md.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 官网:点击打开链接 李老师博客:点击打开链接 蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。 ###md.mdp### title = Protein-ligand comp...

2017-10-01 18:33:07

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GROMACS运行参数之npt.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件npt.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。

2017-10-01 18:28:16

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GROMACS运行参数之nvt.mdp文件详解

蛋白质配体复合物模拟nvt平衡过程中需要用到输入文件nvt.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。

2017-10-01 18:18:39

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GROMACS运行参数之em.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 官网:点击打开链接 李老师博客:点击打开链接 蛋白质配体复合物模拟添加离子过程中需要用到输入文件em.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。 ###em.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMME...

2017-09-27 20:03:15

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装ACPYPE

acpype,基于Python的工具,使用Antechamber生成化学化合物的拓扑,并提供python与其他应用程序的接口。 将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。

2017-09-10 23:44:39

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Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装

Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装!推荐学习网站! 第一步:获取root权限

2017-06-11 13:49:50

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