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利用openbabel2.4.1进行小分子构象搜索

利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 一,使用遗传算法(遗传算法)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子生成20个小分子构象,然后使用-writeco...

2018-08-22 19:42:45

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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网:https://cdk.github.io/点击打开链接        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

阅读数:139

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Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/)

###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64...

2018-05-22 19:51:53

阅读数:295

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Win或Linux系统下用conda安装Open Babel

一、安装Anaconda或Miniconda二、利用conda安装openbabelconda install -c openbabel openbabel

2018-05-17 22:54:02

阅读数:271

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OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

2017-09-09 12:22:48

阅读数:757

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Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(三)

Python调用openbabel的API输出sdf格式分子文件中的分子的分子量。

2017-08-26 23:49:36

阅读数:585

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Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(二)

多分子SDF格式分子文件分割为单个分子的sdf文件。 openbabel2.4、IPython、Python2.7

2017-08-26 23:26:51

阅读数:562

评论数:1

Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(一)

OpenBabel2.4,Python2.7的API调用实例。 创建分子sdf文件。

2017-08-26 21:32:45

阅读数:220

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Ubuntu16下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定

上一篇介绍的是CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定点击打开链接 一、Open Babel简介 Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进...

2017-05-16 19:10:20

阅读数:1151

评论数:2

CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定

一、Open Babel简介 Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。 Open Babel由CC++编写,并提供C ++, Perl, Python等的API接口...

2017-05-15 21:25:27

阅读数:992

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