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《机器学习Python实践》——数据导入(CSV)

一,CSV 逗号分隔值(逗号分隔值,CSV,有时也称为字符分隔值,因为分隔字符也可以不是逗号),其文件以纯文本形式存储表格数据(数字和文本)。字幕:纯意味着该文件的英文一个字符序列,不含必须像二进制数字那样被解读的数据。CSV文件由任意数目的记录组成,记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成,...

2018-08-14 18:14:10

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Jupyter Notebook显示图像

  使用matplotlib绘图 %matplotlib inline #!/usr/bin/python3 %matplotlib inline jupyter内嵌问题, %pylab inline    

2018-08-12 17:47:28

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ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。 ChemDataExtractor官网 ChemDataExtractor特点 自然...

2018-08-12 17:46:29

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基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

Pytorch与QSAR 尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型   环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdkit rdkit 安装pytorch 基于Pytorc...

2018-08-11 13:46:16

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Win10+Python3.6下Pytorch安装(基于conda或pip)

Pytroch简介 Pytorch是Facebook的AI研究团队发布了一个Python工具包,专门针对GPU加速的深度神经网络(DNN)编程.Torch是一个经典的对多维矩阵数据进行操作的张量(tensor)库,在机器学习和其他数学密集型应用有广泛应用。但由于Torch语言采用Lua,导致在国...

2018-08-11 12:07:18

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RDKit:基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂!   RDKit代码: #导入模块,载入分子 #!usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Recap from rdkit.Chem import Draw from rdk...

2018-08-10 23:01:05

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RDKit:运用RDKit计算USRCAT

USRCAT USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码: import os import seabor...

2018-08-10 21:47:37

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基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software  http://www.rdkit.org/         简化分子线性输入规范(SMILES)是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范,由David Weininger和Arthur Weinin...

2018-08-04 22:29:55

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Python脚本:聚类小分子数据集

  聚类分子(Clustering molecules) 聚类是一种有价值的化学信息学技术,用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。   基于RDKit的Python脚本用于聚...

2018-07-25 15:10:54

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Python脚本:将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件

如题:讲mol2分子库文件拆分为单个mol2文件用法:python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dir注释:python 脚本文件 mol2分子库 输出目录split_multimol2.py:#Python2 or Python3 #Aspiri...

2018-07-12 11:19:11

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Python:PDB文件中原子和残基重新编号

Python脚本:PDB文件中原子和残基重新编号Command:python renumber_pdb.py -i protein.pdb -a -r > output.pdbrenumber_pdb.py# Python 3 script to atoms and resi...

2018-07-11 23:56:03

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Python:计算两个蛋白或小分子之间的RMSD

Python脚本:计算两个蛋白或小分子之间的RMSD用法:python rmsd.py protein1.pdb protein2.pdbrmsd.py# Root-mean-square deviation (RMSD) for proteins and/or ligands # in PDB ...

2018-07-11 23:42:04

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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网:https://cdk.github.io/点击打开链接        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

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CentOS7.5(64位)安装Anaconda

一、获取Linux版的Anaconda安装包1.官网点击打开链接https://www.anaconda.com/download/2.Anaconda开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装Anaconda1.运...

2018-05-29 18:25:40

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Python3学习笔记(二):基本数据类型

Python 中的变量不需要声明,每个变量在使用前都必须赋值,变量赋值以后该变量才会被创建。Python 中,变量就是变量,它没有类型,我们所说的"类型"是变量所指的内存中对象的类型。等号(=)用来给变量赋值。等号(=)运算符左边是一个变量名,等号(=)运算符右...

2018-05-29 00:03:55

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Python之%s%d%f

%s 字符串string="hello" #%s打印时结果是hello print ("string=%s" % string) # output: string=hello ...

2018-05-28 15:26:39

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Python3学习笔记(一):基础语法

Python 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。Python 是一种解释型语言: 这意味着开发过程中没有了编译这个环节。类似于PHP和Perl语言。Python 是交互式语言: 这意味着,您可以在一个Python提示符,直接互动执行写你的程序。Python 是面向对象...

2018-05-28 15:05:51

阅读数:70

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Python & 机器学习之项目实践

机器学习是一项经验技能,经验越多越好。在项目建立的过程中,实践是掌握机器学习的最佳手段。在实践过程中,通过实际操作加深对分类和回归问题的每一个步骤的理解,达到学习机器学习的目的。预测模型项目模板不能只通过阅读来掌握机器学习的技能,需要进行大量的练习。本文将介绍一个通用的机器学习的项目模板,创建这个...

2018-05-28 13:26:51

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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

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Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/)

###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64...

2018-05-22 19:51:53

阅读数:128

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