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基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题,尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。 <数据集文件见:https://download.csdn.net...

2018-09-16 17:04:08

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RDKit:化合物亚结构(Substructure)搜索(基于Python3)

  代码示例: #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit.Chem import AllChem as ch from rdkit.Chem import Draw as d #载入分子库 suppl = ch.SDMolSupplier('drugb...

2018-09-12 18:23:16

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Python3连接PostgreSQL(10.5)数据库

一、Psycopg简介 Psycopg是Python编程语言中最流行的PostgreSQL数据库适配器。它的主要功能是完整实现Python DB API 2.0规范和线程安全(多个线程可以共享相同的连接)。它专为大量多线程应用程序而设计,可以创建和销毁大量游标并创建大量并发“INSERT”或“U...

2018-09-10 16:27:32

阅读数:143

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Biopython:Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式 #载入数据 meta=[] sequence=[] seq = ('ls_orchid.fasta') for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(s...

2018-09-08 19:06:45

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基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据,基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型。   代码示例: #导入必须的包 #!/usr/bin/env python3 from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.Chem import AllCh...

2018-09-06 21:23:45

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RDKit:基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。 《仅供参考》 # In[1]:导入依赖包 from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descripto...

2018-09-02 20:57:13

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RDKit:基于分子文件输出分子结构

  #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw spl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库 mols = [] for mol in spl...

2018-09-02 19:16:13

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BioPython安装与入门

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FO...

2018-08-31 13:09:22

阅读数:235

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RDKit:化合物相似性搜索(基于Python3)

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 代码实例: #导入依赖包 #!/usr/bin/env python3 fr...

2018-08-28 20:46:35

阅读数:195

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RDKit:化合物骨架分析(基于Python3)

基于RDKit的骨架分析 代码实例: # In[1]: #!/usr/bin/env python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaf...

2018-08-26 18:53:06

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初探Django2.1:Win10+Python3.6.6环境下安装Django

Django的简介 Django的是一个开放源代码的网络应用框架,由Python的写成。采用了MVC的框架模式,即模型男,视图V和控制器C.它最初是被开发来用于管理劳伦斯出版集团旗下的一些以新闻内容为主的网站的,即是CMS(内容管理系统)软件。并于2005年7月在BSD许可证下发布。这套框架是以...

2018-08-22 19:24:18

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DrugBank:小分子数据信息挖掘

DrugBank数据库简介 DrugBank数据库是唯一将详细的药品数据(即化学,药理学和制药)与综合药物靶点信息(即序列,结构和作用通路)相结合的“生物信息学和化学信息学”资源.DrugBank由加拿大卫生研究院,亚伯达省创新 - 健康解决方案和代谢组学创新中心(TMIC)提供支持,该中心是国...

2018-08-21 18:59:13

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RDKit:化学指纹(Chemical Fingerprinting)

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥,由前MDL开发,作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键,即166 0和1,其中每个键对应于特定的分子特征,例如存在羰基(键154:('[#6] = [#8]',0),RDkit中的#C ...

2018-08-18 00:04:40

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《机器学习Python实践》——数据导入(CSV)

一,CSV 逗号分隔值(逗号分隔值,CSV,有时也称为字符分隔值,因为分隔字符也可以不是逗号),其文件以纯文本形式存储表格数据(数字和文本)。字幕:纯意味着该文件的英文一个字符序列,不含必须像二进制数字那样被解读的数据。CSV文件由任意数目的记录组成,记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成,...

2018-08-14 18:14:10

阅读数:113

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Jupyter Notebook显示图像

  使用matplotlib绘图 %matplotlib inline #!/usr/bin/python3 %matplotlib inline jupyter内嵌问题, %pylab inline    

2018-08-12 17:47:28

阅读数:301

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ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。 ChemDataExtractor官网 ChemDataExtractor特点 自然...

2018-08-12 17:46:29

阅读数:78

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基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

Pytorch与QSAR 尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型   环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdkit rdkit 安装pytorch 基于Pytorc...

2018-08-11 13:46:16

阅读数:232

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Win10+Python3.6下Pytorch安装(基于conda或pip)

Pytroch简介 Pytorch是Facebook的AI研究团队发布了一个Python工具包,专门针对GPU加速的深度神经网络(DNN)编程.Torch是一个经典的对多维矩阵数据进行操作的张量(tensor)库,在机器学习和其他数学密集型应用有广泛应用。但由于Torch语言采用Lua,导致在国...

2018-08-11 12:07:18

阅读数:263

评论数:2

RDKit:基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂!   RDKit代码: #导入模块,载入分子 #!usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Recap from rdkit.Chem import Draw from rdk...

2018-08-10 23:01:05

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RDKit:运用RDKit计算USRCAT

USRCAT USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码: import os import seabor...

2018-08-10 21:47:37

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