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RDKit:化学指纹(Chemical Fingerprinting)

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥,由前MDL开发,作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键,即166 0和1,其中每个键对应于特定的分子特征,例如存在羰基(键154:('[#6] = [#8]',0),RDkit中的#C ...

2018-08-18 00:04:40

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ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。 ChemDataExtractor官网 ChemDataExtractor特点 自然...

2018-08-12 17:46:29

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基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

Pytorch与QSAR 尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型   环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdkit rdkit 安装pytorch 基于Pytorc...

2018-08-11 13:46:16

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RDKit:基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂!   RDKit代码: #导入模块,载入分子 #!usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Recap from rdkit.Chem import Draw from rdk...

2018-08-10 23:01:05

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RDKit:运用RDKit计算USRCAT

USRCAT USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码: import os import seabor...

2018-08-10 21:47:37

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基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software  http://www.rdkit.org/         简化分子线性输入规范(SMILES)是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范,由David Weininger和Arthur Weinin...

2018-08-04 22:29:55

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RDKit2018.03.3+Win10(64位):ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,:ImportError: DLL load failed 环境:RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令:conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下:   解决办法: 安装与py-...

2018-08-04 14:05:15

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RDKit2018.03.3+Win10(64位):ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,:ImportError: DLL load failed 环境:RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令:conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下:   折中的解决办法:安装RDK...

2018-08-02 19:35:04

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Python脚本:聚类小分子数据集

  聚类分子(Clustering molecules) 聚类是一种有价值的化学信息学技术,用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。   基于RDKit的Python脚本用于聚...

2018-07-25 15:10:54

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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网:https://cdk.github.io/点击打开链接        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

阅读数:487

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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

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RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD

计算两个小分子之间的RMSD,可以用来判断两个构象的接近程度。第一步:安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。第二步:安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步:使用方法python i...

2018-05-17 11:48:52

阅读数:205

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RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

2017-11-20 02:29:56

阅读数:2048

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RDKit toolkit实战二:Generating Similarity Maps Using Fingerprints

RDKit toolkit实战:Generating Similarity Maps Using Fingerprints 调用RDKit的Python API进行模仿学习。

2017-10-30 19:02:02

阅读数:487

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正)

Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正) 一、RDKit简介 Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit点击打开链接 前面写的一篇CentOS 7下安装RDkit的文章,在测试的时候有很多报错,且不支持InChI和Avalon toolkit,后...

2017-10-29 15:06:30

阅读数:1017

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RDKit toolkit实战一:调用Python API

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。 RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit RDKit iPython Notebook参考网站点击打开链接 配置...

2017-10-17 22:13:33

阅读数:2092

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software

2017-09-20 23:24:02

阅读数:1002

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