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基于RDKit探索DrugBank

如题:仅供参考   #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem import AllChem from rdkit i...

2018-10-06 22:26:41

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基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题,尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。 <数据集文件见:https://download.csdn.net...

2018-09-16 17:04:08

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RDKit:化合物亚结构(Substructure)搜索(基于Python3)

  代码示例: #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit.Chem import AllChem as ch from rdkit.Chem import Draw as d #载入分子库 suppl = ch.SDMolSupplier('drugb...

2018-09-12 18:23:16

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基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据,基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型。   代码示例: #导入必须的包 #!/usr/bin/env python3 from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.Chem import AllCh...

2018-09-06 21:23:45

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RDKit:基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。 《仅供参考》 # In[1]:导入依赖包 from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descripto...

2018-09-02 20:57:13

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RDKit:基于分子文件输出分子结构

  #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw spl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库 mols = [] for mol in spl...

2018-09-02 19:16:13

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RDKit:化合物相似性搜索(基于Python3)

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 代码实例: #导入依赖包 #!/usr/bin/env python3 fr...

2018-08-28 20:46:35

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RDKit:化合物骨架分析(基于Python3)

基于RDKit的骨架分析 代码实例: # In[1]: #!/usr/bin/env python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaf...

2018-08-26 18:53:06

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RDKit:化学指纹(Chemical Fingerprinting)

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥,由前MDL开发,作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键,即166 0和1,其中每个键对应于特定的分子特征,例如存在羰基(键154:('[#6] = [#8]',0),RDkit中的#C ...

2018-08-18 00:04:40

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ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。 ChemDataExtractor官网 ChemDataExtractor特点 自然...

2018-08-12 17:46:29

阅读数:81

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基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

Pytorch与QSAR 尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型   环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdkit rdkit 安装pytorch 基于Pytorc...

2018-08-11 13:46:16

阅读数:236

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RDKit:基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂!   RDKit代码: #导入模块,载入分子 #!usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Recap from rdkit.Chem import Draw from rdk...

2018-08-10 23:01:05

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RDKit:运用RDKit计算USRCAT

USRCAT USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码: import os import seabor...

2018-08-10 21:47:37

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基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software  http://www.rdkit.org/         简化分子线性输入规范(SMILES)是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范,由David Weininger和Arthur Weinin...

2018-08-04 22:29:55

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RDKit2018.03.3+Win10(64位):ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,:ImportError: DLL load failed 环境:RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令:conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下:   解决办法: 安装与py-...

2018-08-04 14:05:15

阅读数:69

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RDKit2018.03.3+Win10(64位):ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,:ImportError: DLL load failed 环境:RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令:conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下:   折中的解决办法:安装RDK...

2018-08-02 19:35:04

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Python脚本:聚类小分子数据集

  聚类分子(Clustering molecules) 聚类是一种有价值的化学信息学技术,用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。   基于RDKit的Python脚本用于聚...

2018-07-25 15:10:54

阅读数:217

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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网:https://cdk.github.io/点击打开链接        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

阅读数:753

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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

阅读数:134

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RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD

计算两个小分子之间的RMSD,可以用来判断两个构象的接近程度。第一步:安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。第二步:安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步:使用方法python i...

2018-05-17 11:48:52

阅读数:335

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