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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网:https://cdk.github.io/点击打开链接        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

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RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD

计算两个小分子之间的RMSD,可以用来判断两个构象的接近程度。第一步:安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。第二步:安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步:使用方法python i...

2018-05-17 11:48:52

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RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

2017-11-20 02:29:56

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RDKit toolkit实战二:Generating Similarity Maps Using Fingerprints

RDKit toolkit实战:Generating Similarity Maps Using Fingerprints 调用RDKit的Python API进行模仿学习。

2017-10-30 19:02:02

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RDKit toolkit实战一:调用Python API

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。 RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit RDKit iPython Notebook参考网站点击打开链接 配置...

2017-10-17 22:13:33

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software

2017-09-20 23:24:02

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