RDKit | 处理RDKit分子Mol对象

Mol对象的组成

由于Mol对象是分子，因此它们自然是由原子组成的。分子是通过原子间键的形成而形成的。

 

导入库

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
print('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))

rdkit version: 2019.09.3

载入数据

suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20200114172835.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)

 

Atom对象

Mol.GetAtoms()
Mol.GetAtomWithIdx(idx) 

 

for mol in