Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装

GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎. 分子动力学模拟和能量最小化是计算化学和分子建模领域众多技术中的两种. 计算化学 是计算技术在化学中应用, 涉及范围从分子的量子力学到复杂大分子聚集体的动力学. 分子建模 是用实际的原子模型描述复杂化学体系的一般方法, 其目的是以原子尺度的详细知识为基础, 理解和预测物质的宏观性质. 通常, 分子建模被用于设计新的材料, 因为在这过程中需要对实际体系的物理性质进行准确的预测.

硬件环境:

安装依赖

内核依赖

 

yum install kernel-headers
yum install kernel-devel
yum install kernel-devel-kernel-devel-3.10.0-514.21.1.el7.x86_64

编译依赖

 

 

yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install gcc-gfortran
yum install cmake
yum install blas-devel
yum install lapack-devel
yum install boost-devel
yum install libxml2-devel
yum install libpng-devel

yum -y install doxygen

 

编译安装Gromacs-5.1.4
tar zxvf gromacs-5.1.4.tar.gz
cd gromacs-5.1.4
mkdir build
cd build

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx
make -j 12 #电脑14核,选择12个
make install
 
配置环境变量
gedit  ~/.bashrc #打开bashrc

source /opt/gmx5/bin/GMXRC    #环境变量

source ~/.bashrc #source立即生效

运行效果
 
 
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药学、医学、化学和生物与计算机和AI交叉的爱好者从业者。
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