UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件

UCSF DOCK6.8对接教程


       DOCK6 UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请申请时需要填写真实详细的信息(学校名称网站地址、导师名称等等)

      目前DOCK6最新的释放版本为DOCK6.8,其安装参考博文:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装DOCK6.8


本教程以PARP1为靶点,选择其晶体结构:4R6E


用于对接的配体选择:Olaparib奥拉帕尼


准备受体文件(UCSF Chimera)

打开受体蛋白,删除多余的链和所有非蛋白结构此处保留A链和其结合配体保存为receptor.pdb);





删除非蛋白结构(包括配体),Tools- Structure Editing- Dock Prep 将受体部分的参数补全;

选择加氢加电荷方法,加氢加电荷后保存为:rec_charged.mol2





选择蛋白所有H 原子,删除,保存为rec_noH.pdb


准备配体文件(UCSF Chimera)

打开配体3D结构删除所有H
Tools-Structure Editing-AddH
Tools-Structure Editing-Add Charge
保存为
ligand.mol2







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