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bcftools安装

  编译安装bcftools: tar xvf bcftools-1.9.tar.bz2 cd bcftools-1.9 ./configure --prefix=/opt/bcftools1.9 make make install 编译安装Bcftools: gedit ~/.bas...

2019-02-23 17:47:11

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氨基酸周期表

2019-02-23 16:25:12

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Samtools安装及常用命令详解

Samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 下载安装包: http://www.htslib.org/download/ 安装依赖: yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel...

2019-02-23 15:38:41

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差异表达基因-火山图和聚类图解释

想研究某现象的分子机制,老板豪气的来一句,先测个转录组吧,看下差异表达基因。 是否在心里窃喜,制个样就完事了,太easy有木有。等大堆数据回来的时候,是不是傻眼了? 从何下手挑选差异表达基因呢? 今天就先来聊聊如何看差异表达基因数据,火山图,聚类图又怎么看。1差异基因筛选方法那差异基因是如何筛...

2019-02-15 10:40:38

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Windows10下安装配置 perl 环境

Perl 是 Practical Extraction and Report Language 的缩写,可翻译为 "实用报表提取语言"。 Perl 是高级、通用、直译式、动态的程序语言。 Perl 最初的设计者为拉里·沃尔(Larry Wall),于1987...

2019-02-14 20:45:55

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Jupyter Notebook实现直接调用R

学习了python,已经能够满足大部分需求了。但是最近学习生息和组学数据分析,以后的论文是必须要用R语言来写的。 那就学吧。因为之前一直在用jupyter notebook来写分析报告,所以我就想也用jupyter写R,这样子就很方便了。高兴的是确实可以在jupyter中使用R, 安装基础包 ...

2019-01-23 22:00:03

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R语言基础练习与入门实践

  练习: 熟练使用R软件 实践1:最初几步 x=1:100#把1,2,...,100个整数向量赋值到x (x=1:100) #同上, 只不过显示出来 sample(x,20) #从1,...,100中随机不放回地抽取20个值作为样本 set.seed(0);sample(1:10,3)#...

2019-01-16 19:26:40

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R语言读取CSV文件

#读取CSV文件 data <- read.csv("drugbank.csv", header = FALSE)      

2019-01-06 14:47:11

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漂亮的四叶草

  /****************************************************************** *Copyright (C),2018-2019 *File Name :漂亮的四叶草 *Project Name :Fou...

2019-01-04 20:04:18

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R语言-路径设置与工作目录修改

R语言中的路径设置 软件的路径设置对于电脑的内存管理、工作数据的保存和自己的寻根究底十分重要。所以,合理的设置R中相关路径,能更加方便快捷的管理自己的相关文件,提高学习R语言的效率,建立自己的习惯体系。 R中的路径设置主要有以下几个方面: 工作目录的路径 安装包的路径 工作目录 1.使用...

2019-01-01 19:42:10

阅读数 102

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R语言-包的安装、载入及使用方法

一、原理简述 包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录称为库(library)。函数.libPaths()能够显示库所在的位置,函数library()则可以显示库中有哪些包。 R自带了一系列默认包(包括base、datasets、utils、grDe...

2019-01-01 18:19:49

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R语言-安装使用指南

  R语言 概述 R语言是用于统计分析,图形表示和报告的编程语言和软件环境。 R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建,目前由R语言开发核心团队开发。 R语言的核心是解释计算机语言,其允许分支和循环以及使用函数的模块化编程。 R语言允许与以C,C ...

2019-01-01 05:02:16

阅读数 27

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Centos 7.5安装配置MongoDB 4.0.5

MongoDB是一个基于分布式文件存储的数据库。由C++语言编写。旨在为WEB应用提供可扩展的高性能数据存储解决方案。 MongoDB是一个介于关系数据库和非关系数据库之间的产品,是非关系数据库当中功能最丰富,最像关系数据库的。他支持的数据结构非常松散,是类似json的bson格式,因此可以存储...

2019-01-01 05:01:59

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MySQL常用命令行大全

    登陆 mysql -u root -p 创建数据库 create database Genebank; 显示数据库 show databases; 删除数据库 drop database Genebank; 连接数据库 use Drugba...

2019-01-01 05:01:41

阅读数 17

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Python 3 —— 使用 PyMySQL 操作 MySQL8

  PyMySQL 是一个纯 Python 实现的 MySQL 客户端操作库,支持事务、存储过程、批量执行等。 PyMySQL 遵循 Python 数据库 API v2.0 规范,并包含了 pure-Python MySQL 客户端库。 pip install PyMySQL 创建数据库...

2019-01-01 05:01:27

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Navicat 12连接MySQL8服务器

  测试连接    

2018-12-14 22:43:15

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CentOS7.5下yum安装MySQL8图文教程

  卸载MariaDB 1.列出所有安装的MariaDB rpm 包 rpm -qa | grep mariadb 2.强制卸载 rpm -e --nodeps mariadb-libs-5.5.60-1.el7_5.x86_64 安装MySQL 1. 环境 CentOS7...

2018-12-14 22:10:58

阅读数 41

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RDKit支持PostgreSQL配置

  安装RDKit的PostgreSQL支持 conda install -c rdkit rdkit-postgresql 安装psycopg2,是Python语言的PostgreSQL数据库接口 pip install psycopg2 为drugbank数据库创建扩展: p...

2018-12-09 11:17:50

阅读数 69

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生物信息学数据库分类概览

生物与计算机的结合让生物进入大数据时代,为方便管理各种生物数据,科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库,并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效果。在此将常用数据库按照以下分类方式大致整理了一下,也方便检索。 1. Meta databases 元数据库,合并不同...

2018-11-24 18:55:07

阅读数 228

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CentOS7.5安装配置PostgreSQL10

  CentOS系统中安装postgresql的rpm源: yum install https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/10/redhat/rhel-7-x86_64/pgdg-centos10-10-2.noarch.rpm ...

2018-11-18 23:04:55

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