AspirinCode

Fight Disease With Code ! Fight Disease With DT !

RDKit支持PostgreSQL配置

  安装RDKit的PostgreSQL支持 conda install -c rdkit rdkit-postgresql 安装psycopg2,是Python语言的PostgreSQL数据库接口 pip install psycopg2 为drugbank数据库创建扩展: p...

2018-12-09 11:17:50

阅读数:42

评论数:0

生物信息学数据库分类概览

生物与计算机的结合让生物进入大数据时代,为方便管理各种生物数据,科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库,并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效果。在此将常用数据库按照以下分类方式大致整理了一下,也方便检索。 1. Meta databases 元数据库,合并不同...

2018-11-24 18:55:07

阅读数:53

评论数:1

CentOS7.5安装配置PostgreSQL10

  CentOS系统中安装postgresql的rpm源: yum install https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/10/redhat/rhel-7-x86_64/pgdg-centos10-10-2.noarch.rpm ...

2018-11-18 23:04:55

阅读数:28

评论数:0

Windows10+Python3.6(Anaconda3)+OpenCV3.4安装配置

  环境 win10(64bit)+Anaconda3(python3.6.5) 下载opencv_python 执行下面命令安装opencv3.4.3: pip install opencv_python-3.4.3-cp36-cp36m-win_amd64.whl 测试 ...

2018-11-11 20:34:52

阅读数:41

评论数:0

Windows10下Python3做OpenGL的编程

  OpenGL的Python3.6环境配置 下载: PyOpenGL‑3.1.3b2‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl PyOpenGL_accelerate‑3.1.3b2‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl 安装: #pip install wh...

2018-11-11 19:21:50

阅读数:39

评论数:0

基于随机森林的化合物活性二分类模型

    #导入依赖包 import pandas as pd import numpy as np from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descriptors imp...

2018-11-07 20:12:41

阅读数:61

评论数:0

基于RDKit探索DrugBank

如题:仅供参考   #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem import AllChem from rdkit i...

2018-10-06 22:26:41

阅读数:186

评论数:0

基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题,尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。 <数据集文件见:https://download.csdn.net...

2018-09-16 17:04:08

阅读数:269

评论数:1

RDKit:化合物亚结构(Substructure)搜索(基于Python3)

  代码示例: #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit.Chem import AllChem as ch from rdkit.Chem import Draw as d #载入分子库 suppl = ch.SDMolSupplier('drugb...

2018-09-12 18:23:16

阅读数:285

评论数:0

Python3连接PostgreSQL(10.5)数据库

一、Psycopg简介 Psycopg是Python编程语言中最流行的PostgreSQL数据库适配器。它的主要功能是完整实现Python DB API 2.0规范和线程安全(多个线程可以共享相同的连接)。它专为大量多线程应用程序而设计,可以创建和销毁大量游标并创建大量并发“INSERT”或“U...

2018-09-10 16:27:32

阅读数:704

评论数:0

PostgreSQL10.5安装后(Win10)环境变量配置与运行

  一、PostgreSQL10.5安装后(Win10)环境变量配置 安装见:PostgreSQL10.5安装详细步骤(Win10) 需要设置环境变量,包括三项:data存放路径,lib以及bin目录        C:\PostgreSQL10\data (data的安装目录是可选的,例...

2018-09-09 16:15:51

阅读数:697

评论数:0

PostgreSQL10.5安装详细步骤(Win10)

一、PostgreSQL安装: 1. 获取安装包 https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads 2. 开始安装 3. 选择程序安装目录 4、选择数据存放目录 5、输入数据库超级用...

2018-09-09 14:53:43

阅读数:1623

评论数:0

Biopython:Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式 #载入数据 meta=[] sequence=[] seq = ('ls_orchid.fasta') for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(s...

2018-09-08 19:06:45

阅读数:75

评论数:0

基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据,基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型。   代码示例: #导入必须的包 #!/usr/bin/env python3 from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.Chem import AllCh...

2018-09-06 21:23:45

阅读数:399

评论数:0

化学结构格式SDF的认识

  第一行:一般作为分子名字,如 Levetiracetam 第二行:注释,ChemDraw06111413562D 第三行:一般是空行 第四行:是原子个数 键的个数等的起始行。 M  END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行...

2018-09-04 15:19:34

阅读数:424

评论数:0

RDKit:基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。 《仅供参考》 # In[1]:导入依赖包 from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descripto...

2018-09-02 20:57:13

阅读数:270

评论数:4

RDKit:基于分子文件输出分子结构

  #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw spl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库 mols = [] for mol in spl...

2018-09-02 19:16:13

阅读数:296

评论数:0

BioPython安装与入门

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FO...

2018-08-31 13:09:22

阅读数:902

评论数:0

RDKit:化合物相似性搜索(基于Python3)

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 代码实例: #导入依赖包 #!/usr/bin/env python3 fr...

2018-08-28 20:46:35

阅读数:400

评论数:0

RDKit:化合物骨架分析(基于Python3)

基于RDKit的骨架分析 代码实例: # In[1]: #!/usr/bin/env python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaf...

2018-08-26 18:53:06

阅读数:400

评论数:0

提示
确定要删除当前文章?
取消 删除
关闭
关闭