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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

阅读数:23

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设置Win可远程访问服务器jupyter notebook

首先是要 安装 Anaconda 。默认情况下,安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook, 访问本地 localhost:8888 即可。但是如果要访问另一台机器,比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 172.104.105.119:8888 这样的访问...

2018-05-22 20:06:15

阅读数:14

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Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/)

###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64...

2018-05-22 19:51:53

阅读数:14

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centos7 选定默认启动内核,及删除无用内核

#使用cat /boot/grub2/grub.cfg |grep menuentry 查看系统可用内核 [root@bigapp-slave27 ~]# cat /boot/grub2/grub.cfg |grep menuentry if [ x"${feature_men...

2018-05-18 16:14:24

阅读数:10

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Win或Linux系统下用conda安装Open Babel

一、安装Anaconda或Miniconda二、利用conda安装openbabelconda install -c openbabel openbabel

2018-05-17 22:54:02

阅读数:36

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RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd

使用旋转计算两个分子的均方根偏差(RMSD)使用Kabsch算法(1976)或Quaternion算法(1991)进行旋转,在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差(RMSD),从而得到最小的RMSD。一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装,不赘...

2018-05-17 13:17:14

阅读数:35

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RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD

计算两个小分子之间的RMSD,可以用来判断两个构象的接近程度。第一步:安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。第二步:安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步:使用方法python i...

2018-05-17 11:48:52

阅读数:43

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UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

准备蛋白质分子的表面文件(Chimera) 打开rec_noH.pdb,Action>Surface>show Tools>Structure Editing>Write DMS ,保存为rec.dms 生成受体空间(DOCK6....

2018-05-17 11:27:33

阅读数:9

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Linux 删除和替换文件中某些行的方法

删除mol2格式文件中的title

2018-05-17 11:08:29

阅读数:6

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Open Drug Discovery Toolkit

Open Drug Discovery Toolkit (ODDT) is modular and comprehensive toolkit for use in cheminformatics, molecular modeling etc. ODDT is written in Python...

2017-12-29 19:17:34

阅读数:136

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UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件

UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件        DOCK6 是UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请,申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。

2017-12-28 18:26:08

阅读数:395

评论数:3

ldconfig提示is not a symbolic link警告的去除方法

ldconfig提示is not a symbolic link警告的去除方法

2017-11-25 21:22:46

阅读数:133

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RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

2017-11-20 02:29:56

阅读数:1229

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RDKit toolkit实战三:描述符计算及可视化

利用RDKit的Python的API进行小分子描述符的计算和可视化。

2017-11-19 22:51:04

阅读数:458

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RDKit toolkit实战二:Generating Similarity Maps Using Fingerprints

RDKit toolkit实战:Generating Similarity Maps Using Fingerprints 调用RDKit的Python API进行模仿学习。

2017-10-30 19:02:02

阅读数:359

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正)

Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正),支持InChI和Avalon toolkit。

2017-10-29 15:06:30

阅读数:737

评论数:1

GROMACS运行参数整理(二)

Gromacs运行参数中文注释 中文注释仅供参考!!!

2017-10-29 14:21:51

阅读数:353

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GROMACS运行参数整理(一)

Gromacs运行参数中文注释 中文注释仅供参考!!! 1.Preprocessing include = ... ; 指定拓扑结构目录 define = ... ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性...

2017-10-23 23:57:05

阅读数:282

评论数:0

Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装Xmgrace

Xmgrace是Linux下类似origin的免费开源画图软件。

2017-10-21 16:46:38

阅读数:746

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RDKit toolkit实战一:调用Python API

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。 RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit RDKit iPython Notebook参考网站点击打开链接 配置...

2017-10-17 22:13:33

阅读数:1495

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