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Windows10+Python3.6(Anaconda3)+OpenCV3.4安装配置

  环境 win10(64bit)+Anaconda3(python3.6.5) 下载opencv_python 执行下面命令安装opencv3.4.3: pip install opencv_python-3.4.3-cp36-cp36m-win_amd64.whl 测试 ...

2018-11-11 20:34:52

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Windows10下Python3做OpenGL的编程

  OpenGL的Python3.6环境配置 下载: PyOpenGL‑3.1.3b2‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl PyOpenGL_accelerate‑3.1.3b2‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl 安装: #pip install wh...

2018-11-11 19:21:50

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基于随机森林的化合物活性二分类模型

    #导入依赖包 import pandas as pd import numpy as np from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descriptors imp...

2018-11-07 20:12:41

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基于RDKit探索DrugBank

如题:仅供参考   #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem import AllChem from rdkit i...

2018-10-06 22:26:41

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基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题,尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。 <数据集文件见:https://download.csdn.net...

2018-09-16 17:04:08

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RDKit:化合物亚结构(Substructure)搜索(基于Python3)

  代码示例: #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit.Chem import AllChem as ch from rdkit.Chem import Draw as d #载入分子库 suppl = ch.SDMolSupplier('drugb...

2018-09-12 18:23:16

阅读数:219

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Python3连接PostgreSQL(10.5)数据库

一、Psycopg简介 Psycopg是Python编程语言中最流行的PostgreSQL数据库适配器。它的主要功能是完整实现Python DB API 2.0规范和线程安全(多个线程可以共享相同的连接)。它专为大量多线程应用程序而设计,可以创建和销毁大量游标并创建大量并发“INSERT”或“U...

2018-09-10 16:27:32

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PostgreSQL10.5安装后(Win10)环境变量配置与运行

  一、PostgreSQL10.5安装后(Win10)环境变量配置 安装见:PostgreSQL10.5安装详细步骤(Win10) 需要设置环境变量,包括三项:data存放路径,lib以及bin目录        C:\PostgreSQL10\data (data的安装目录是可选的,例...

2018-09-09 16:15:51

阅读数:403

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PostgreSQL10.5安装详细步骤(Win10)

一、PostgreSQL安装: 1. 获取安装包 https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads 2. 开始安装 3. 选择程序安装目录 4、选择数据存放目录 5、输入数据库超级用...

2018-09-09 14:53:43

阅读数:921

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Biopython:Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式 #载入数据 meta=[] sequence=[] seq = ('ls_orchid.fasta') for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(s...

2018-09-08 19:06:45

阅读数:51

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基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据,基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型。   代码示例: #导入必须的包 #!/usr/bin/env python3 from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.Chem import AllCh...

2018-09-06 21:23:45

阅读数:293

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化学结构格式SDF的认识

  第一行:一般作为分子名字,如 Levetiracetam 第二行:注释,ChemDraw06111413562D 第三行:一般是空行 第四行:是原子个数 键的个数等的起始行。 M  END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行...

2018-09-04 15:19:34

阅读数:308

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RDKit:基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。 《仅供参考》 # In[1]:导入依赖包 from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descripto...

2018-09-02 20:57:13

阅读数:211

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RDKit:基于分子文件输出分子结构

  #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw spl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库 mols = [] for mol in spl...

2018-09-02 19:16:13

阅读数:185

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BioPython安装与入门

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FO...

2018-08-31 13:09:22

阅读数:443

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RDKit:化合物相似性搜索(基于Python3)

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 代码实例: #导入依赖包 #!/usr/bin/env python3 fr...

2018-08-28 20:46:35

阅读数:301

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RDKit:化合物骨架分析(基于Python3)

基于RDKit的骨架分析 代码实例: # In[1]: #!/usr/bin/env python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaf...

2018-08-26 18:53:06

阅读数:293

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利用openbabel2.4.1进行小分子构象搜索

利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 一,使用遗传算法(遗传算法)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子生成20个小分子构象,然后使用-writeco...

2018-08-22 19:42:45

阅读数:168

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初探Django2.1:Win10+Python3.6.6环境下安装Django

Django的简介 Django的是一个开放源代码的网络应用框架,由Python的写成。采用了MVC的框架模式,即模型男,视图V和控制器C.它最初是被开发来用于管理劳伦斯出版集团旗下的一些以新闻内容为主的网站的,即是CMS(内容管理系统)软件。并于2005年7月在BSD许可证下发布。这套框架是以...

2018-08-22 19:24:18

阅读数:118

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DrugBank:小分子数据信息挖掘

DrugBank数据库简介 DrugBank数据库是唯一将详细的药品数据(即化学,药理学和制药)与综合药物靶点信息(即序列,结构和作用通路)相结合的“生物信息学和化学信息学”资源.DrugBank由加拿大卫生研究院,亚伯达省创新 - 健康解决方案和代谢组学创新中心(TMIC)提供支持,该中心是国...

2018-08-21 18:59:13

阅读数:497

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