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Python脚本:聚类小分子数据集

  聚类分子(Clustering molecules) 聚类是一种有价值的化学信息学技术,用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。   基于RDKit的Python脚本用于聚...

2018-07-25 15:10:54

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KNIME学习记录

KNIME的介绍 KNIME的按钮说明 KNIME的例子 KNIME的注意事项 ————————- KNIME的介绍 KNIME发音为:[naim](就是用“k”,就像“knife”一样)。 它由康斯坦茨大学的Michael Berthold小组开发。 KNIME系统是基于Eclip...

2018-07-19 16:00:05

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Python脚本:将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件

如题:讲mol2分子库文件拆分为单个mol2文件用法:python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dir注释:python 脚本文件 mol2分子库 输出目录split_multimol2.py:#Python2 or Python3 #Aspiri...

2018-07-12 11:19:11

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Python:PDB文件中原子和残基重新编号

Python脚本:PDB文件中原子和残基重新编号Command:python renumber_pdb.py -i protein.pdb -a -r > output.pdbrenumber_pdb.py# Python 3 script to atoms and resi...

2018-07-11 23:56:03

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Python:计算两个蛋白或小分子之间的RMSD

Python脚本:计算两个蛋白或小分子之间的RMSD用法:python rmsd.py protein1.pdb protein2.pdbrmsd.py# Root-mean-square deviation (RMSD) for proteins and/or ligands # in PDB ...

2018-07-11 23:42:04

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