AspirinCode

Fight Disease With Code ! Fight Disease With DT !

Open Drug Discovery Toolkit

Open Drug Discovery Toolkit (ODDT) is modular and comprehensive toolkit for use in cheminformatics, molecular modeling etc. ODDT is written in Python...

2017-12-29 19:17:34

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UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件

UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件        DOCK6 是UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请,申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。

2017-12-28 18:26:08

阅读数:323

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ldconfig提示is not a symbolic link警告的去除方法

ldconfig提示is not a symbolic link警告的去除方法

2017-11-25 21:22:46

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RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

2017-11-20 02:29:56

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RDKit toolkit实战三:描述符计算及可视化

利用RDKit的Python的API进行小分子描述符的计算和可视化。

2017-11-19 22:51:04

阅读数:389

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RDKit toolkit实战二:Generating Similarity Maps Using Fingerprints

RDKit toolkit实战:Generating Similarity Maps Using Fingerprints 调用RDKit的Python API进行模仿学习。

2017-10-30 19:02:02

阅读数:316

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正)

Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正),支持InChI和Avalon toolkit。

2017-10-29 15:06:30

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GROMACS运行参数整理(二)

Gromacs运行参数中文注释 中文注释仅供参考!!!

2017-10-29 14:21:51

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GROMACS运行参数整理(一)

Gromacs运行参数中文注释 中文注释仅供参考!!! 1.Preprocessing include = ... ; 指定拓扑结构目录 define = ... ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性...

2017-10-23 23:57:05

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装Xmgrace

Xmgrace是Linux下类似origin的免费开源画图软件。

2017-10-21 16:46:38

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RDKit toolkit实战一:调用Python API

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。 RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit RDKit iPython Notebook参考网站点击打开链接 配置...

2017-10-17 22:13:33

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GROMACS运行参数之em_real.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 官网:点击打开链接 李老师博客:点击打开链接 蛋白质配体复合物模拟能量最小化过程中需要用到输入文件em_real.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。 ###em_real.mdp### ; LINES STARTING WITH...

2017-10-01 18:38:52

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GROMACS运行参数之md.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 官网:点击打开链接 李老师博客:点击打开链接 蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。 ###md.mdp### title = Protein-ligand comp...

2017-10-01 18:33:07

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GROMACS运行参数之npt.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件npt.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。

2017-10-01 18:28:16

阅读数:392

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GROMACS运行参数之nvt.mdp文件详解

蛋白质配体复合物模拟nvt平衡过程中需要用到输入文件nvt.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。

2017-10-01 18:18:39

阅读数:435

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GROMACS运行参数之em.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 官网:点击打开链接 李老师博客:点击打开链接 蛋白质配体复合物模拟添加离子过程中需要用到输入文件em.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。 ###em.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMME...

2017-09-27 20:03:15

阅读数:376

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software

2017-09-20 23:24:02

阅读数:610

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Win10下MySQL_Workbench连接远程主机MySQL5.7

创建用户 grant all privileges on *.* to 远程访问用户名@'%' identified by '密码'; 显示用户 select host,user from user;删除用户 drop user AspirinCode@'%'; flush privileges;

2017-09-17 22:47:20

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装ACPYPE

acpype,基于Python的工具,使用Antechamber生成化学化合物的拓扑,并提供python与其他应用程序的接口。 将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。

2017-09-10 23:44:39

阅读数:587

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装DOCK6.8

Linux-64位系统下,分子对接软件DOCK6.8的安装。

2017-09-10 18:16:56

阅读数:309

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OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

OpenBabel2.4.1转换mol2格式到pdbqt格式

2017-09-09 12:22:48

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CentOS7(64位)下运行IPython3出错解决办法

不知道什么原因,运行ipython3的时候报错了,搜索了很久,找到的解决办法,虽然解决的不彻底。 unset PYTHONPATH ipython3

2017-08-30 23:26:44

阅读数:199

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虚拟筛选涉及的小分子数据库

药物设计和虚拟筛选涉及到的一些分子库总结!

2017-08-27 14:31:59

阅读数:2461

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Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(三)

Python调用openbabel的API输出sdf格式分子文件中的分子的分子量。

2017-08-26 23:49:36

阅读数:359

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Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(二)

多分子SDF格式分子文件分割为单个分子的sdf文件。 openbabel2.4、IPython、Python2.7

2017-08-26 23:26:51

阅读数:347

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Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(一)

OpenBabel2.4,Python2.7的API调用实例。 创建分子sdf文件。

2017-08-26 21:32:45

阅读数:157

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Pymol(1.8.6)作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型

pymol创建cartoon和surface镶嵌模型。

2017-08-22 23:11:00

阅读数:1004

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Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装GaussView5

GaussView的介绍和Linux系统下安装GaussView5

2017-08-22 20:17:52

阅读数:1226

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Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心

Pymol1.8.6创建质心技巧,图文并茂!

2017-08-17 23:55:16

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PubChem分子库

PubChem介绍,及如何下载PubChem网站FTP服务器上的数据,此处下载分子库!

2017-08-13 17:27:34

阅读数:1523

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CentOS7(64位)安装Jupyter Notebook

基于CentOS7安装Jupyter Notebook

2017-08-13 17:02:02

阅读数:294

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CentOS7(64位)查看CPU和NVIDIA显卡温度

centos7查看CPU和NVIDIA显卡温度

2017-07-25 20:51:57

阅读数:1537

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CentOS 7-(64位)系统下安装Anaconda(Python3.x)及pip使用

ipython2、ipython3,以及安装不同版本python程序包!

2017-07-12 22:47:44

阅读数:932

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Win10(64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

获取Anaconda(Python3.6)和pymol-1.8.6.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl Anaconda最好去下载清华提供的镜像,网速会很快,安装Anaconda3-4.4.0-Windows-x86_64.exe Anaconda3-4.4.0-Windo...

2017-06-30 20:52:15

阅读数:1490

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Linux(CentOS 7)(64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

硬件环境

2017-06-17 18:18:25

阅读数:1267

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CentOS 7(64位)系统中安装AutoDockTools(MGLTools)

硬件环境: 获取安装包: 官网:http://mgltools.scripps.edu/downloads点击打开链接 CentOS 7(64位)系统中安装MGLTools 获取root权限;进入安装包所在文件夹;赋予权限;运行安装。 su...

2017-06-11 18:35:04

阅读数:721

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CentOS7(64位)安装NVIDIA显卡驱动和CUDA8.0

硬件环境:

2017-06-11 15:37:12

阅读数:6489

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Amber16和AmberTools16在CentOS 7下GPU加速版的安装

AmberTools16和Amber16安装GPU加速版。

2017-06-11 14:07:07

阅读数:712

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Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装

Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装!推荐学习网站! 第一步:获取root权限

2017-06-11 13:49:50

阅读数:1181

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CentOS 7下安装UCSF Chimera

UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序,用于分子结构和相关数据的交互式可视化和 分析。主要包括:密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。 UCSF Chimera官网:http:...

2017-06-10 22:11:21

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CentOS 7系统中安装AutoDock Vina

AutoDock Vina安装包下载点击打开链接 CentOS 7(64位)下安装AutoDock Vina cd autodockvina tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz ./autodo

2017-06-10 20:52:05

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Ubuntu16下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定

上一篇介绍的是CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定点击打开链接 一、Open Babel简介 Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进...

2017-05-16 19:10:20

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CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定

一、Open Babel简介 Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。 Open Babel由CC++编写,并提供C ++, Perl, Python等的API接口...

2017-05-15 21:25:27

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