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基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题,尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。 <数据集文件见:https://download.csdn.net...

2018-09-16 17:04:08

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RDKit:化合物亚结构(Substructure)搜索(基于Python3)

  代码示例: #导入依赖包 #!/usr/bin/python3 from rdkit.Chem import AllChem as ch from rdkit.Chem import Draw as d #载入分子库 suppl = ch.SDMolSupplier('drugb...

2018-09-12 18:23:16

阅读数:118

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Python3连接PostgreSQL(10.5)数据库

一、Psycopg简介 Psycopg是Python编程语言中最流行的PostgreSQL数据库适配器。它的主要功能是完整实现Python DB API 2.0规范和线程安全(多个线程可以共享相同的连接)。它专为大量多线程应用程序而设计,可以创建和销毁大量游标并创建大量并发“INSERT”或“U...

2018-09-10 16:27:32

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PostgreSQL10.5安装后(Win10)环境变量配置与运行

  一、PostgreSQL10.5安装后(Win10)环境变量配置 安装见:PostgreSQL10.5安装详细步骤(Win10) 需要设置环境变量,包括三项:data存放路径,lib以及bin目录        C:\PostgreSQL10\data (data的安装目录是可选的,例...

2018-09-09 16:15:51

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PostgreSQL10.5安装详细步骤(Win10)

一、PostgreSQL安装: 1. 获取安装包 https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads 2. 开始安装 3. 选择程序安装目录 4、选择数据存放目录 5、输入数据库超级用...

2018-09-09 14:53:43

阅读数:164

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Biopython:Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式 #载入数据 meta=[] sequence=[] seq = ('ls_orchid.fasta') for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(s...

2018-09-08 19:06:45

阅读数:23

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基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据,基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型。   代码示例: #导入必须的包 #!/usr/bin/env python3 from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.Chem import AllCh...

2018-09-06 21:23:45

阅读数:167

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化学结构格式SDF的认识

  第一行:一般作为分子名字,如 Levetiracetam 第二行:注释,ChemDraw06111413562D 第三行:一般是空行 第四行:是原子个数 键的个数等的起始行。 M  END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行...

2018-09-04 15:19:34

阅读数:125

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RDKit:基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。 《仅供参考》 # In[1]:导入依赖包 from rdkit import Chem, DataStructs from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.ML.Descripto...

2018-09-02 20:57:13

阅读数:106

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RDKit:基于分子文件输出分子结构

  #!/usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw spl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库 mols = [] for mol in spl...

2018-09-02 19:16:13

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BioPython安装与入门

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FO...

2018-08-31 13:09:22

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RDKit:化合物相似性搜索(基于Python3)

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。 代码实例: #导入依赖包 #!/usr/bin/env python3 fr...

2018-08-28 20:46:35

阅读数:125

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RDKit:化合物骨架分析(基于Python3)

基于RDKit的骨架分析 代码实例: # In[1]: #!/usr/bin/env python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaf...

2018-08-26 18:53:06

阅读数:149

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利用openbabel2.4.1进行小分子构象搜索

利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 一,使用遗传算法(遗传算法)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子生成20个小分子构象,然后使用-writeco...

2018-08-22 19:42:45

阅读数:77

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初探Django2.1:Win10+Python3.6.6环境下安装Django

Django的简介 Django的是一个开放源代码的网络应用框架,由Python的写成。采用了MVC的框架模式,即模型男,视图V和控制器C.它最初是被开发来用于管理劳伦斯出版集团旗下的一些以新闻内容为主的网站的,即是CMS(内容管理系统)软件。并于2005年7月在BSD许可证下发布。这套框架是以...

2018-08-22 19:24:18

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DrugBank:小分子数据信息挖掘

DrugBank数据库简介 DrugBank数据库是唯一将详细的药品数据(即化学,药理学和制药)与综合药物靶点信息(即序列,结构和作用通路)相结合的“生物信息学和化学信息学”资源.DrugBank由加拿大卫生研究院,亚伯达省创新 - 健康解决方案和代谢组学创新中心(TMIC)提供支持,该中心是国...

2018-08-21 18:59:13

阅读数:172

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RDKit:化学指纹(Chemical Fingerprinting)

化学指纹识别是一种将绘制的分子转换为0和1位的流的方法。旧指纹类型是MACCS密钥,由前MDL开发,作为在分子数据库中进行子结构筛选的快速方法。公共版本包含166个键,即166 0和1,其中每个键对应于特定的分子特征,例如存在羰基(键154:('[#6] = [#8]',0),RDkit中的#C ...

2018-08-18 00:04:40

阅读数:135

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《机器学习Python实践》——数据导入(CSV)

一,CSV 逗号分隔值(逗号分隔值,CSV,有时也称为字符分隔值,因为分隔字符也可以不是逗号),其文件以纯文本形式存储表格数据(数字和文本)。字幕:纯意味着该文件的英文一个字符序列,不含必须像二进制数字那样被解读的数据。CSV文件由任意数目的记录组成,记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成,...

2018-08-14 18:14:10

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只需十四步:从零开始掌握Python机器学习(附资源)

  Python 可以说是现在最流行的机器学习语言,而且你也能在网上找到大量的资源。你现在也在考虑从 Python 入门机器学习吗?本教程或许能帮你成功上手,从 0 到 1 掌握 Python 机器学习,至于后面再从 1 到 100 变成机器学习专家,就要看你自己的努力了。本教程原文分为两个部分...

2018-08-14 18:11:30

阅读数:89

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Jupyter Notebook显示图像

  使用matplotlib绘图 %matplotlib inline #!/usr/bin/python3 %matplotlib inline jupyter内嵌问题, %pylab inline    

2018-08-12 17:47:28

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ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。 ChemDataExtractor官网 ChemDataExtractor特点 自然...

2018-08-12 17:46:29

阅读数:63

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基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

Pytorch与QSAR 尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型   环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdkit rdkit 安装pytorch 基于Pytorc...

2018-08-11 13:46:16

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Win10+Python3.6下Pytorch安装(基于conda或pip)

Pytroch简介 Pytorch是Facebook的AI研究团队发布了一个Python工具包,专门针对GPU加速的深度神经网络(DNN)编程.Torch是一个经典的对多维矩阵数据进行操作的张量(tensor)库,在机器学习和其他数学密集型应用有广泛应用。但由于Torch语言采用Lua,导致在国...

2018-08-11 12:07:18

阅读数:199

评论数:2

RDKit:基于RECAP生成片段

尝试使用RECAP进行分子碎裂!   RDKit代码: #导入模块,载入分子 #!usr/bin/python3 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Recap from rdkit.Chem import Draw from rdk...

2018-08-10 23:01:05

阅读数:55

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RDKit:运用RDKit计算USRCAT

USRCAT USRCAT是基于形状的方法,它的工作速度非常快。代码是免费提供的,如果要使用代码,用户需要安装它。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505738/ RDKit代码: import os import seabor...

2018-08-10 21:47:37

阅读数:57

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基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式

RDKit: Open-Source Cheminformatics Software  http://www.rdkit.org/         简化分子线性输入规范(SMILES)是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范,由David Weininger和Arthur Weinin...

2018-08-04 22:29:55

阅读数:76

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RDKit2018.03.3+Win10(64位):ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,:ImportError: DLL load failed 环境:RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令:conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下:   解决办法: 安装与py-...

2018-08-04 14:05:15

阅读数:52

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RDKit2018.03.3+Win10(64位):ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

RDKit2018.03.3,:ImportError: DLL load failed 环境:RDKit2018.03.3+Anaconda3+python3.6.6 安装命令:conda install -c rdkit rdkit 运行报错如下:   折中的解决办法:安装RDK...

2018-08-02 19:35:04

阅读数:108

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Python脚本:聚类小分子数据集

  聚类分子(Clustering molecules) 聚类是一种有价值的化学信息学技术,用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。   基于RDKit的Python脚本用于聚...

2018-07-25 15:10:54

阅读数:183

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KNIME学习记录

KNIME的介绍 KNIME的按钮说明 KNIME的例子 KNIME的注意事项 ————————- KNIME的介绍 KNIME发音为:[naim](就是用“k”,就像“knife”一样)。 它由康斯坦茨大学的Michael Berthold小组开发。 KNIME系统是基于Eclip...

2018-07-19 16:00:05

阅读数:92

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Python脚本:将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件

如题:讲mol2分子库文件拆分为单个mol2文件用法:python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dir注释:python 脚本文件 mol2分子库 输出目录split_multimol2.py:#Python2 or Python3 #Aspiri...

2018-07-12 11:19:11

阅读数:150

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Python:PDB文件中原子和残基重新编号

Python脚本:PDB文件中原子和残基重新编号Command:python renumber_pdb.py -i protein.pdb -a -r > output.pdbrenumber_pdb.py# Python 3 script to atoms and resi...

2018-07-11 23:56:03

阅读数:205

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Python:计算两个蛋白或小分子之间的RMSD

Python脚本:计算两个蛋白或小分子之间的RMSD用法:python rmsd.py protein1.pdb protein2.pdbrmsd.py# Root-mean-square deviation (RMSD) for proteins and/or ligands # in PDB ...

2018-07-11 23:42:04

阅读数:174

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停止NVIDIA的GPU进程

kill -9 PID某个GPU进程:停止进程:kill -9 5694

2018-06-05 17:54:55

阅读数:254

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开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

1. CDK (Chemistry Development Kit) 官网:https://cdk.github.io/点击打开链接        CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck,Egon Willighagen与Jmol和JC...

2018-06-01 12:14:22

阅读数:641

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CentOS7 关闭防火墙

每次远程连接Jupyter Notebook,都被禁止访问需要临时关闭防火墙。CentOS7版本防火墙默认使用firewalld#临时关闭 systemctl stop firewalld #禁止开机启动 systemctl disable firewalld Removed symlink /e...

2018-05-31 17:44:14

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CentOS7.5(64位)安装Anaconda

一、获取Linux版的Anaconda安装包1.官网点击打开链接https://www.anaconda.com/download/2.Anaconda开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装Anaconda1.运...

2018-05-29 18:25:40

阅读数:384

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Python3学习笔记(二):基本数据类型

Python 中的变量不需要声明,每个变量在使用前都必须赋值,变量赋值以后该变量才会被创建。Python 中,变量就是变量,它没有类型,我们所说的"类型"是变量所指的内存中对象的类型。等号(=)用来给变量赋值。等号(=)运算符左边是一个变量名,等号(=)运算符右...

2018-05-29 00:03:55

阅读数:61

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深度学习在药物发现领域的兴起

摘要过去的十年中,深度学习(DeepLearning,DL)在各种人工智能研究领域取得了显着的成功。从以前对人工神经网络的研究演变而来,该技术在诸如图像和语音识别,自然语言处理等领域表现出优于其他机器学习(Machine Learning,ML)算法的性能。近年来,深度学习在医药研究中的第一波应用...

2018-05-28 17:11:18

阅读数:538

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Python之%s%d%f

%s 字符串string="hello" #%s打印时结果是hello print ("string=%s" % string) # output: string=hello ...

2018-05-28 15:26:39

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Python3学习笔记(一):基础语法

Python 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。Python 是一种解释型语言: 这意味着开发过程中没有了编译这个环节。类似于PHP和Perl语言。Python 是交互式语言: 这意味着,您可以在一个Python提示符,直接互动执行写你的程序。Python 是面向对象...

2018-05-28 15:05:51

阅读数:80

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数据挖掘与数据分析

一、数据挖掘和数据分析概述数据挖掘和数据分析都是从数据中提取一些有价值的信息,二者有很多联系,但是二者的侧重点和实现手法有所区分。 数据挖掘和数据分析的不同之处: 1、在应用工具上,数据挖掘一般要通过自己的编程来实现需要掌握编程语言;而数据分析更多的是借助现有的分析工具进行。 2、在行业知识方面,...

2018-05-28 13:58:14

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Python & 机器学习之项目实践

机器学习是一项经验技能,经验越多越好。在项目建立的过程中,实践是掌握机器学习的最佳手段。在实践过程中,通过实际操作加深对分类和回归问题的每一个步骤的理解,达到学习机器学习的目的。预测模型项目模板不能只通过阅读来掌握机器学习的技能,需要进行大量的练习。本文将介绍一个通用的机器学习的项目模板,创建这个...

2018-05-28 13:26:51

阅读数:112

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药物设计的深度学习(Deep Learning for Drug Design)

 翻译《Deep Learning for Drug Design: an Artificial Intelligence Paradigm for DrugDiscovery in the Big Data Era》摘要        过去的十年中,深度学习(deeplearning, DL)方...

2018-05-27 00:58:11

阅读数:1420

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深度学习在小分子药物研发中的应用

一、深度学习在小分子药物研发中的应用二、深度学习工具

2018-05-26 20:13:38

阅读数:332

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Windows 10下安装Anaconda(Anaconda3-5.1.0)

一、获取Win的Anaconda安装包1.官网https://www.anaconda.com/download/2.开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装过程1.运行安装包,点击Next;2.点击I Agree...

2018-05-25 19:18:05

阅读数:847

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Windows 10下安装Miniconda3

一、获取win的Miniconda3安装包1.官网https://conda.io/miniconda.html2.开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/二、安装过程1.运行安装包,点击Next;2.点击 I Agr...

2018-05-25 17:50:05

阅读数:206

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创建独立的Python化学信息学环境

一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#...

2018-05-23 14:49:56

阅读数:112

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设置Win可远程访问服务器jupyter notebook

首先是要 安装 Anaconda 。默认情况下,安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook, 访问本地 localhost:8888 即可。但是如果要访问另一台机器,比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 172.104.105.119:8888 这样的访问...

2018-05-22 20:06:15

阅读数:261

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Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/)

###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64...

2018-05-22 19:51:53

阅读数:194

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