2020年10月_ElminsterAumar

12月 11月 10月 09月 08月 05月

原创 Python - 安装sentencepiece异常

在安装transformers库时，sentencepiece无法安装，如下：pip3 install --user transformers解决问题参考：Pip install sentencepiece failure在安装sentencepiece，无法进行，如下：Building wheels for collected packages: sentencepiece Building wheel for sentencepiece (setup.py) ...长时间等待，异常如下

2020-10-28 17:06:03 19167 17

原创 Python - 安装Apex问题

安装命令pip3 install --user -v --no-cache-dir --global-option="--cpp_ext" --global-option="--cuda_ext" ./参考 PyTorch 安装 APEX 疑难杂症解决方案:https://zhuanlan.zhihu.com/p/80386137问题：如果在执行第三行时出错 “Cuda extensions are being compiled with a version of Cuda that does n

2020-10-28 15:13:50 6238

原创 Mac上PyCharm运行多进程报错的解决方案

运行时报错may have been in progress in another thread when fork() was called. We cannot safely call it or ignore it in the fork() child process. Crashing instead. Set a breakpoint on objc_initializeAfterForkError to debug.解决方案添加环境变量:点击窗口上的Run->Edit Confi

2020-10-27 16:35:50 921

原创 Python - PubLayNet显示COCO类型数据集

COCO类型的数据集，主要是JSON格式一致，就可以使用COCO自带的函数，显示COCO的标注结果。参考文档标注数据来源PubLayNet：https://dax-cdn.cdn.appdomain.cloud/dax-publaynet/1.0.0/PubLayNet.html下载：验证数据：val.tar.gz标签：labels.tar.gz逻辑：def process(self): print('[Info] 处理数据开始!') # 1. 确定标注文件 d

2020-10-19 22:03:56 1442

原创 Matplotlib颜色对照表

在Matplotlib中。常见颜色对应的英文，如下：

2020-10-18 13:10:02 4168

药物设计相关数据库.xmind

药物设计相关数据库是专门收集、整理和提供药物候选分子、生物靶标信息、药物化学结构、生物活性数据以及药物设计工具的电子资源。

2024-07-02

MMseqs2最新版本可执行文件

官网源码：https://github.com/soedinglab/MMseqs2 MMseqs2 可执行文件，根据源码编译，需要安装插件运行，支持 MPI 功能。 apt-get install libatomic1 性能测试，参考文章：https://spike.blog.csdn.net/article/details/131966061 MMseq2 是非常强大和高效的生物信息学软件，可以在极短的时间内对大规模的核苷酸和蛋白质序列进行搜索和聚类。主要特点有： - 使用一种新颖的序列比对算法，可以在保持高灵敏度的同时，大幅提高搜索速度。它可以比 BLAST 快 10000 倍，比 PSI-BLAST 快 400 倍。 - 可以处理多种序列格式，包括 FASTA, FASTQ, A3M, Stockholm 等，还可以直接从 NCBI 下载序列数据，或者从 UniProt, Pfam, InterPro 等数据库中获取预构建的序列集。

2023-07-27

DrugChat测试模型

使用开源数据，未训练充分，仅用于测试。

2023-06-26

冷冻电镜的低通滤波算法

优化版本的冷冻电镜的低通滤波算法v1.1，目标，将冷冻电镜图像，通过低通滤波算法降噪，输入冷冻电镜图像，输出信息集中的降噪图像。参考文章：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/126127817?spm=1001.2014.3001.5502

2022-08-02