ibdata1的坑货是怎么来的

ibdata—- InnoDB 的共享表空间
当你启用了 innodb_file_per_table(默认开启状态)，表被存储在他们自己的表空间里，但是共享表空间仍然在存储其它的 InnoDB 内部数据：

数据字典，也就是 InnoDB 表的元数据
变更缓冲区
双写缓冲区
撤销日志

防御增长方法：
其中的一些在 Percona 服务器上可以被配置来避免增长过大的。例如你可以通过 innodb_ibuf_max_size 设置最大变更缓冲区，或设置 innodb_doublewrite_file 来将双写缓冲区存储到一个分离的文件。

如果出现了怎么办？——凉拌

（1）备份数据库

mysqldump -q -uroot -ppassword --add-drop-table --all-databases >/home/backup/all.sql

（2）针对Ubuntu

vim /etc/mysql/my.cnf

找到 [mysqld] 区域
加上一句话关闭坑爹的 innodb_file_per_table，保存后检查方法

mysql> show variables like '%per_table%';
+-----------------------+-------+
| Variable_name         | Value |
+-----------------------+-------+
| innodb_file_per_table | ON    |
+-----------------------+-------+
1 row in set (0.53 sec)

（3）
删除掉 ibdata1这个巨无霸还有自己创建的表（不要删除mysql表）
重启服务器，导入刚才备份的文件。

错误示范-事务没有关闭过

#!/usr/bin/python
# -*- coding:utf-8 -*-
#__author__='Kakarotto'
import MySQLdb



def md5sum_insert_data():
    #connect database
    conn = MySQLdb.connect(
        host='localhost',
        port=3306,
        user='root',
        passwd='toor',
        db='hello',
    charset="utf8"
    )
    cur = conn.cursor()
    sqli = "insert into hello values(%s,%s,%s)"
    sqlii="select max(id) from hello"
    cur.execute(sqlii)
    conn.commit()#隐形杀手
    maxnumber=cur.fetchall()
    for row in maxnumber:
        countori=row[0]
    count=countori+1  #get primarary key new value
    print count
    for line in lines:
        count+=1
        hebing= line.replace("\n", "")
    print hebing
    try:            
            name,md5=hebing.split()
        except:
            pass
            try:
                cur.execute(sqli, ('%s' % count, '%s' % name, '%s' % md5))
                conn.commit()
            except:
                cur.execute(sqli, ('%s' % count, '%s' % name,'null' ))
                conn.commit()

    conn.close()

if __name__=="__main__":
    md5sum_insert_data()

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更多细节参考
MySql ibdata1文件太大如何缩小

为什么 mysql 里的 ibdata1 文件不断的增长？