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PANDA pipeline的安装与使用-安装(1)
首先在http://www.nitrc.org/projects/panda/这里可以了解到panda的基本知识还有下载方式。我选用ubuntu14.04作为Linux平台的操作系统。装Ubuntu很简单,利用UISO配合引导盘直接就可以刷进去,装好了之后会发现是用Ubuntu引导的WIN7,所以卸载起来会有一点麻烦。接下来装matlab,第一次用Linux,有点惨,直接在root模式原创 2016-03-21 20:01:33 · 5718 阅读 · 0 评论 -
【TrackVis 教程】基于DTI的纤维追踪及显示
TrackVis使用教程,DTI神经连接处理,脑结构网络分析,利用DTI进行神经网络结构网络组学分析,TrackVis可视化研究,纤维追踪软件是Diffusion Toolkit原创 2017-06-26 09:55:11 · 21493 阅读 · 17 评论 -
解决chrome无法启用印象笔记-剪藏功能的办法
新版CH留兰器安全的问题,导致从印象笔记官网下载的rxs文件无法直接通过drap&drop功能添加功能块。可以将rxs文件后缀名改成rar格式,然后解压,通过CH留兰器扩展界面(具体咨询百度地址)勾选开发者选项,然后点击加载解压包button,选择刚才解压出的目录即可。亲测很好用。最后别忘了登录您的印象笔记账号。转载 2017-06-20 21:24:34 · 11219 阅读 · 4 评论 -
【PANDA】利用已有的分割结果进行DTI脑区结构连接分析
PANDA为我们提供了一整套关于DTI图像预处理,fiber tracking,利用fsl进行去颅骨分割操作,基于分割模板的network construction等等操作。但是由于模板限制,我们目前只能使用以下几个图谱进行分区形容。为了解决这个问题,我发现可以直接加载我们自己的分割结果上去,效果还不错。首先需要把待处理的被试的MRI图像进行分类,这部分可以通过dpabi软件来实现。将原创 2017-04-26 17:25:34 · 8759 阅读 · 10 评论 -
利用dpabi整理医院原始扫描出的dicom光盘数据时的小技巧及结果介绍
今天在用dpabi软件整理医院发来的mri数据时,遇到了小小的麻烦,就是发来的数据是多级目录结构,存在很多配置文件和运行文件,说明文件,而最难受的是我们需要的影像文件是data格式而非dicom格式,先来看一下dpabi的截图,进入软件需要利用maltab,set到matlab的path中,然后输入dpabi即可,dicom sorter在Utilities-Dicom Sorter下。正常使原创 2017-05-08 15:12:47 · 8820 阅读 · 6 评论 -
PANDA pipeline的安装与使用-使用(5)实验室操作流程规范
目前处理所采用的流程:1.首先是对输入源文件进行处理,DWI图像应当放到二级的文件夹目录下,按照不同人分类开。2.接下来因为我们得到的T1图像一般是dicom格式的,所以需要利用utilities中的Dicom->NIfTI,生成nii或者Nii.gz格式的T1图像。3.接下来利用Panda的full pipeline,DICOM PATH中选择路径,选择Result Path, 自定原创 2016-05-10 14:44:46 · 3617 阅读 · 1 评论 -
为PANDA制作的DWI按扫描次数分类的toolkit
最近在使用PANDA的过程中,出现了DWI的dicom文件夹输入存在问题的状况,对照manual中发现是因为医院为我们提供的DWI数据是42或84个(对应于2次扫描或4次扫描,没有进行按扫描次数分类。)这里我写了一个简单的安扫描次数分类的toolkit,可以针对42或84个扫描文件中的DWI进行批量分类处理。经过修改后相信适用于大家,注意操作环境是Linux下的matlab。% 2016/4/原创 2016-04-11 17:28:53 · 2177 阅读 · 1 评论 -
PANDA pipeline的安装与使用-使用(4)输出结果以及含义
对于PANDA输出的结果文件简略的介绍:处理目录下00010…等文件夹是代表了三个被试的结果文件。/logs/存放了一些程序运行的信息。/subject_info/存储了原路径与目的路径的对应关系。/native_space/存放了被试在个体空间下的结果。L1是Lambda1,L2是Lambda2,L23是Lambda23。AllScanningParameters.x翻译 2016-03-25 19:19:09 · 4839 阅读 · 0 评论 -
北师大BrainNet Viewer软件使用心得与原创实用ROI提取toolkit分享
分享了自己的使用经验,展示了效果,并为大家提供了实用的toolkit。原创 2016-04-07 18:24:25 · 23543 阅读 · 31 评论 -
PANDA pipeline的安装与使用-使用(3)输入及参数设置
大部分是翻译与manual,其中红字标出了使用时遇到的困难问题以及解决的方法。正文数据的输入!mainpipeline的输入!1.如果输入是DICOM文件, 每个人一个目录,根据不同的成像手段,建立出不同的子目录。2.如果输入的是NifTI文件,将 放在一个成像的文件夹下B值,B向量,.nii或.nii.gz的文件。 子文件夹书一定与扫描的次数相同(如果每个人有不同的扫描次翻译 2016-03-23 21:32:56 · 5071 阅读 · 10 评论 -
PANDA pipeline的安装与使用-安装(2)利用Linux虚拟机进行安装
之前在ubuntu上搭建好的平台遇到了跑图像时提示Error using saveVariable 'sample' not found.Error in PANDA>RUNButton_Callback (line 802) eval(cmdString)Error in gui_mainfcn (line 95) feval(vararg翻译 2016-03-23 14:23:59 · 2532 阅读 · 0 评论 -
Axure 安装及使用心得
产品经理必备UE设计软件翻译 2016-03-23 14:18:05 · 2068 阅读 · 0 评论 -
手把手教Golang小白搭建小米SOAR开发环境
如果你希望直接运行可以直接下载二进制发布包:wget https://github.com/XiaoMi/soar/releases/download/${tag}/soar.${OS}-amd64 -O soarchmod a+x soar其中tag为SOAR版本,而OS代表当前你所使用的系统(注意,如果没有wget可以用curl等命令替换)例如:wget https://gith...原创 2019-09-18 22:18:16 · 2482 阅读 · 0 评论