作为正在进行的细菌噬菌体军备竞赛的一部分,细菌中的 CRISPR-Cas 系统清除入侵的噬菌体,而噬菌体中的抗 CRISPR 蛋白 (Acrs) 抑制 CRISPR 防御。已知 Acrs 已被证明极其多样化,使它们的识别变得复杂。
在这里,维尔茨堡亥姆霍兹研究所与弗莱堡大学合作报告了一种用于 Acr 识别的深度学习算法,该算法揭示了针对 VI-B 型 CRISPR-Cas 系统的 Acr。该算法预测了几乎所有 CRISPR-Cas 类型和亚型的众多推定 Acrs,包括其他算法无法预测的 7,000 多个推定的 IV 型和 VI 型 Acrs。
通过对针对 VI-B 型系统的 Acr 命中进行无细胞筛选,研究人员确定了一种有效的 Cas13b 核酸酶抑制剂,他们将其命名为 AcrVIB1。AcrVIB1 阻断 Cas13b 介导的针对靶向质粒和裂解噬菌体的防御,其抑制功能主要发生在核糖核蛋白复合物形成的上游。
总体而言,该工作有助于扩展已知的 Acr 宇宙,帮助深入了解细菌-噬菌体的竞争关系,以及使用 Acrs 来控制 CRISPR 技术。
该研究以「Anti-CRISPR prediction using deep learning reveals an inhibitor of Cas13b nucleases」为题于 2022 年 5 月 31 日发布在《Molecular Cell》。
论文题目:Anti-CRISPR prediction using deep learning reveals an inhibitor of Cas13b nucleases
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