wangmengmeng99的博客

化学数据格式处理

template_extractor.py:491: FutureWarning: Possible nested set at position 4

AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'GetAtoms'

相信大家在使用该包的时候都会遇到这个问题，为啥pip不能安装这个包，一定要用conda安装呢？这是一个很重要的问题，但答案却不是特别令人满意。核心问题是RDKit不是一个纯python包;它混合了python和一些编译后的扩展模块(共享库)。在Mac和Linux上，那些编译后的扩展模块依赖于另一组包含核心RDKit功能的共享库。在所有平台上，扩展模块也依赖于一些共享库，其中包含来自boost库的功能。所有这些库，在适当的版本中，需要安装在适当的位置，以便from rdkit import Chem能

File "/usr/local/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/conda/_vendor/distro.py", line 943, in _get_lsb_release_info raise subprocess.CalledProcessError(code, cmd, stdout, stderr)subprocess.CalledProcessError: Command 'lsb_release -a' returned non-ze...

主要利用RDKitfrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem import AllChemmol=AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')#将pdb表示分子转换为mol对象molSmiles=Chem.MolToSmiles(mol)#将mol对象转换为smiles