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原创 python使用训练好的模型进行特征提取

因为最近可用的开源代码库里找到了一个网络,因为要提高网络训练速度,网络的输入就改成了一组组特征,所以就需要提前利用特征提取模型进行特征提取,并将特征存为数组。

2022-10-09 10:27:54 1290 1

原创 python新建指定大小的空白numpy数组

python新建指定大小的空白numpy数组

2022-09-29 10:20:02 4076

原创 网络模型转为jit模型保存

使用torch.save保存的pth模型能否直接转换成torch.jit.save的模型。

2022-09-19 11:28:22 808

原创 保存模型时去掉模型的fc层

保存模型时去掉模型的全连接层

2022-09-19 11:02:30 401

原创 shutil 库的用法

shutil用法

2022-09-09 15:57:35 524

原创 python移动文件到指定文件夹

这里主要用到shutil这个库,关于这个库的妙用有很多,平常批量处理文件很有用。

2022-09-09 15:42:31 5629 1

原创 python训练设置断点方便中断后继续训练

原理就是在程序运行时,每训练一个epoch就把模型训练后得到的各种参数保存下来,下次训练直接加载你保存各种参数的这个模型就可以继续接着训练了。

2022-08-31 11:58:42 1873

原创 resnet分类预测时出现问题

预测错误改正

2022-08-30 15:52:42 604

原创 设置损失函数解决数据集类别不平衡问题

这里主要介绍CEloss的权重设置,因为大家无论是分类还是分割都可以用到CEloss,而且很多模型一开始自带的损失函数就是CEloss。

2022-08-30 15:31:19 1336

原创 pytorch重采样加载数据解决样本类别不平衡问题

重采样其实就是建立一个权重采样器,能够在加载数据时对原始数据集按照权重进行采样。

2022-08-30 12:01:16 2643

原创 病理组织图像实例级预测结果转大图预测结果

病理组织图像实例级预测结果转大图预测结果

2022-08-24 17:18:18 149 1

原创 pytorch混合精度计算代码

使用混合精度计算可以减少约一半的显存,但是要注意需要torch1.7.1以上。

2022-08-23 11:26:59 739

原创 Expected all tensors to be on the same device, but found at least two devices, cuda:0 and cpu!

在加入中断训练代码之后,从中断处训练,出现了保存的模型和优化器权重不在同一设备下的错误。在网上搜索之后,找到了许多解决方法,但都不适合我,在这里做一下总结

2022-08-22 11:31:54 680

原创 python在txt文件中选取和删除指定内容

在txt文件中查找或者删除存有指定内容的行,适用于txt文件中只有一列内容的情况下。

2022-08-18 17:52:44 5617

原创 python通过新开线程加速硬盘读取数据的速度

在硬盘和内存当中加一个列表存储线程,数据读取改为从列表读取,可以解决机械硬盘读取数据慢的问题。

2022-08-17 14:43:34 601

原创 pytorch版本的多分类focal loss

多分类的focalloss代码

2022-08-15 16:22:15 1308 1

原创 python将文件夹中的指定文件复制到另一个文件夹

python将文件夹中的指定文件复制到另一个文件夹

2022-08-15 10:18:15 6691 4

原创 vahadane和macenko染色方法的另一种调用

重新找到了另外一种对于基于staintools染色标准化的调用方式。解决了简单调用版出现蓝色噪声的问题。

2022-08-10 16:14:52 1231

原创 python按顺序读写txt文件中的信息

python按顺序读写txt文件中的信息

2022-08-10 14:14:04 1975

原创 基于histomicstk库的染色标准化

最近新发现的一种染色标准化方法,基于histomicstk这个库,标准化效果个人感觉比vahadane方法要好一点,当然也有缺点,就是计算量比较大,很难在dataloader部分在线标准化。

2022-08-10 11:08:29 1712

原创 Cancerimagingarchive网站数据集下载指南

Cancerimagingarchive网站的医学癌症数据集下载过程指导。

2022-08-03 17:51:06 2878 6

原创 CAMELYON16数据集

乳腺癌全扫描病理切片开源数据集

2022-08-01 18:02:31 2446 3

原创 Tensor类型之间的相互转换

遇到了Tensor类型之前需要相互转换的问题,就记录一下,顺便分享。

2022-07-29 16:26:03 11486

原创 pytorch实现Resnet系列的分类任务

本文简单介绍了pytorch环境下resnet分类网络的使用。

2022-07-28 15:17:53 1436

原创 病理组织图像染色标准化

用于病理组织图像的染色标准化,主要依赖于stain tools的vahadane方法

2022-07-26 16:03:05 2549 4

原创 全扫描病理图片对应的xml格式文件的标注转为mask图像

本文写了一种利用全扫描病理图片对应的xml格式文件的标注转为mask图像的python程序

2022-07-26 15:28:42 1498 4

原创 WSI图像的分割切图

病理组织图像分割和处理

2022-07-25 14:46:08 2106 22

原创 数据增强-HSV增强

针对于医学病理图像(WSI)的染色后处理

2022-07-25 11:35:02 1368

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