最小细胞模型的研究新进展

最小细胞模型的研究新进展

［ 作者：biochinese    转贴自：biochinese  ］

最小细胞指的是一个假象的细胞，它在最大可能好的的培养环境下，能够完成最少的生物学功能维持自身的生长和繁殖。 （A "minimal cell" is a hypothetical cell possessing the minimum functions required for sustained growth and reproduction in a maximally supportive culture environment.）     从基因组数据出发，得到单个基因及蛋白质的功能，进而研究整个细胞的代谢调节，这是人们认识细胞功能的一个途径。另外一条相反的途径是，“设计”一个细胞去完成想像的功能，从设计功能出发，得到此生物的基因组蓝图。这里讲的就是第二条途径。     构建最小细胞的研究使无数科学家感到好奇，它通常使用三类方法，分别是实验方法，计算机方法和纯理论方法。例如，通过比较基因组和生物信息的方法，人们可以找到两个或多个基因组的垂直同源基因（ortholog），进而找到最小的基因组。用转座子随机诱变的方法，也可以找到一个基因组中的“必需基因”。     本文是用理论的方法，完善了一个大肠杆菌的最小细胞模型，及"coarse-grain" lumped parameter computer model of Escherichia coli。   参考文献 M. Castellanos , D. B. Wilson  and M. L. Shuler. A modular minimal cell model: Purine and pyrimidine transport and metabolism. PNAS | April 27, 2004 | vol. 101 | no. 17 | 6681-6686, 10.1073/pnas.0400962101 http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/17/6681