线粒体|GetOrganelle组装软件

GetOrganelle

https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle

GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在Genome Biology。

GetOrganelle的核心流程包括：
1）通过“种子”序列获得部分目标相关reads；
2）延伸reads获得所有目标相关reads；
3）对reads进行从头组装得到组装图形；
4）过滤组装图形；
5）识别细胞器组分并自动导出所有可能的细胞器基因组结构。

安装

1.使用conda安装，先创建一个环境。

conda create -n getorganelle

2.激活环境，并安装软件。

conda activate getorganelle
conda install getorganelle

3.安装完成后，需要下载参考序列库。

get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt

可以通过查看帮助文档来查询软件具体参数的用法。