centos m4安装linux,Centos Docker环境下安装Dcm4che归档服务

最新推荐文章于 2024-01-12 23:37:12 发布
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文章标签： centos m4安装linux

本文实现了搭建一个最小的基于Dcm4che+Docker的归档服务，能够实现影像DICOM的归档，调阅，转发功能，其搭建参考于GitHub 开源项目说明：dcm4che/dcm4chee-arc-light

创建用户和用户组相关信息[可选步骤]

$ sudo -i

# groupadd -r slapd-dcm4chee --gid=1021 && useradd -r -g slapd-dcm4chee --uid=1021 slapd-dcm4chee

# groupadd -r postgres-dcm4chee --gid=999 && useradd -r -g postgres-dcm4chee --uid=999 postgres-dcm4chee

# groupadd -r dcm4chee-arc --gid=1023 && useradd -r -g dcm4chee-arc --uid=1023 dcm4chee-arc

# exit

57c2fd444e35

DOCKER 归档模块示意图

1.创建一个docker默认桥接网络

$ docker network create dcm4chee_default

2.开启OpenLDAP Server

docker run --network=dcm4chee_default --name ldap \

-p 389:389 \

-v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \

-v /var/local/dcm4chee-arc/ldap:/var/lib/ldap \

-v /var/local/dcm4chee-arc/slapd.d:/etc/ldap/slapd.d \

-d dcm4che/slapd-dcm4chee:2.4.44-12.0

此命令会优先查找镜像，如本地无镜像，则去docker中心下载进行并按参数运行容器。

参数说明：

--name 容器名称: ldap

-p docker和宿主机的映射端口 ，前面为宿主机，后面为docker服务端口

-v 映射docker文件到宿主机，保证容器消失后数据不会丢失

-d 以后台方式的模式运行

除此在启动容器还可以设定以下参数信息：

-e LDAP_BASE_DN=dc=ihe,dc=net \

-e LDAP_ROOTPASS=mypass \

-e ARCHIVE_DEVICE_NAME=central-archive \

-e AE_TITLE=CENTRAL \

-e ARCHIVE_HOST=central-archive \

-e DICOM_PORT=10104 \

-e HL7_PORT=12575

-e STORAGE_DIR=/storage/fs1

dc=ihe,dc=net(默认dc=dcm4che,dc=org：)作为LDAP目录的数据库后缀(或基本DN)

mypass(默认secret：)作为访问LDAP目录的根密码，

central-archive(默认dcm4chee-arc：)作为存档设备名称，

CENTRAL(默认：)作为存档的DCM4CHEE主要应用程序实体标题，

central-archive(默认127.0.0.1：)作为存档的主机名，

10104(默认11112：)作为DICOM连接到存档的侦听端口，

12575(默认2575：)作为Archive的HL7接收器的监听端口，

/storage/fs1(默认：)/opt/wildfly/standalone/data/fs1作为目录的路径 - 归档容器的内部 - 归档存储收到DICOM对象的位置。

此处移除了官方的时间时区绑定参数

-v /etc/timezone:/etc/timezone:ro

，因为在Centos，此参数回到如下错误，即时区绑定问题：

docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:348: starting container process caused "process_linux.go:402: container init caused \"rootfs_linux.go:58: mounting \\\"/etc/timezone\\\" to rootfs \\\"/var/lib/docker/overlay2/0aea67b9ced0e403f88d6e2185f93848c3810c8ff5f5052811225b13d8611731/merged\\\" at \\\"/var/lib/docker/overlay2/0aea67b9ced0e403f88d6e2185f93848c3810c8ff5f5052811225b13d8611731/merged/etc/timezone\\\" caused \\\"not a directory\\\"\"": unknown: Are you trying to mount a directory onto a file (or vice-versa)? Check if the specified host path exists and is the expected type

3.开启PostGres DB 实例

docker run --network=dcm4chee_default --name db \

-p 5432:5432 \

-e POSTGRES_DB=pacsdb \

-e POSTGRES_USER=pacs \

-e POSTGRES_PASSWORD=pacs \

-v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \

-v /var/local/dcm4chee-arc/db:/var/lib/postgresql/data \

-d dcm4che/postgres-dcm4chee:10.0-12

此命令创建一个名为db 的PostGres数据库实例，参数说明如下：

name 容器实例名称

p 容器和宿主机映射端口

POSTGRES_DB 数据库实例名

POSTGRES_USER 数据库用户名

POSTGRES_PASSWORD 数据库密码

-v 绑定数据库宿主数据文件位置，保证容器结束数据不丢失。

本地电脑访问docker PostGres 数据库，因为数据库端口已经被映射出来，所以可以直接访问宿主机，本人的宿主机是一台虚拟机，通过nat转换的，因此填写虚拟机IP就可以访问了，访问信息截图如下：

57c2fd444e35

访问截图

tips:

如果无法开启容器服务，请手动查找占用端口情况，查询端口占用命令如下：

[root@localhost ~]# netstat -ntlp

Active Internet connections (only servers)

Proto Recv-Q Send-Q Local Address Foreign Address State PID/Program name

tcp 0 0 0.0.0.0:3306 0.0.0.0:* LISTEN 2417/mysqld

tcp 0 0 0.0.0.0:111 0.0.0.0:* LISTEN 1/systemd

tcp 0 0 0.0.0.0:80 0.0.0.0:* LISTEN 4181/nginx: master

tcp 0 0 127.0.0.1:5941 0.0.0.0:* LISTEN 2681/teamviewerd

tcp 0 0 192.168.122.1:53 0.0.0.0:* LISTEN 3133/dnsmasq

tcp 0 0 0.0.0.0:22 0.0.0.0:* LISTEN 1027/sshd

tcp 0 0 127.0.0.1:631 0.0.0.0:* LISTEN 1026/cupsd

tcp 0 0 127.0.0.1:5432 0.0.0.0:* LISTEN 1608/postmaster

tcp 0 0 127.0.0.1:25 0.0.0.0:* LISTEN 2195/master

tcp 0 0 127.0.0.1:32000 0.0.0.0:* LISTEN 3651/java

tcp 0 0 127.0.0.1:32001 0.0.0.0:* LISTEN 3666/java

tcp 0 0 127.0.0.1:32002 0.0.0.0:* LISTEN 3702/java

tcp 0 0 127.0.0.1:32003 0.0.0.0:* LISTEN 3744/java

tcp 0 0 127.0.0.1:32004 0.0.0.0:* LISTEN 3745/java

tcp 0 0 127.0.0.1:32005 0.0.0.0:* LISTEN 3743/java

tcp6 0 0 192.168.43.50:11111 :::* LISTEN 3666/java

tcp6 0 0 192.168.43.50:11113 :::* LISTEN 3702/java

tcp6 0 0 :::111 :::* LISTEN 1/systemd

tcp6 0 0 :::22 :::* LISTEN 1027/sshd

tcp6 0 0 ::1:631 :::* LISTEN 1026/cupsd

tcp6 0 0 ::1:5432 :::* LISTEN 1608/postmaster

tcp6 0 0 ::1:25 :::* LISTEN 2195/master

tcp6 0 0 :::389 :::* LISTEN 18444/docker-proxy

可以看到 5432 TCP端口已被占用，强制干掉占用端口进程，后重新启动容器

[root@localhost ~]# kill -9 1608

[root@localhost ~]# docker start db

db

此时容器正常启动且可以通过工具访问PostGres数据库了。

4.使用已部署的dcm4che Archive 5应用程序启动Wildfly

将已部署的dcm4che Archive 5应用程序提供Wildfly的容器启动到创建的网络中，例如：

docker run --network=dcm4chee_default --name arc \

-p 8080:8080 \

-p 8443:8443 \

-p 9990:9990 \

-p 11112:11112 \

-p 2575:2575 \

-e POSTGRES_DB=pacsdb \

-e POSTGRES_USER=pacs \

-e POSTGRES_PASSWORD=pacs \

-e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" \

-v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \

-v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone \

-d dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.12.0

参数说明如下：

-p 8080:8080 \

-p 8443:8443 \

-p 9990:9990 \

-p 11112:11112 \

-p 2575:2575 \

将Web服务器的http(8080)和https(8443)端口以及9990WildFly管理控制台的http端口(11112)和2575存档应用程序的DICOM和HL7端口从容器发布到主机，以启用外部https客户端，DICOM应用程序和HL7发件人连接到WildFly和Archive应用程序。

环境变量：

-e POSTGRES_DB=pacsdb \

-e POSTGRES_USER=pacs \

-e POSTGRES_PASSWORD=pacs \

设置数据库名称，用户及其密码以连接到PostgreSQL服务器，这些服务器必须与为PostgreSQL服务器容器指定的值相匹配。否则，存档应用程序将无法连接到PostgreSQL服务器。

如果您设置环境变量LDAP_BASE_DN，LDAP_ROOTPASS或ARCHIVE_DEVICE_NAMELDAP服务器容器，你必须设置环境变量也为存档容器。否则，存档应用程序将无法连接到LDAP服务器，或者无法在LDAP目录中找到其配置。

-e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" 延迟WildFly的启动，直到OpenLDAP slapd和PostgreSQL在指定端口上侦听，这样可以防止在OpenLDAP slapd和PostgreSQL准备好接受连接之前由于归档应用程序连接到LDAP和PostgreSQL失败而导致所有容器重新启动时出错。

绑定安装-v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone需要注意将Wildfly服务器配置存储在指定的主机目录中。它在第一个容器启动时初始化，如果它尚未存在于指定的主机目录中。这可确保在删除和重新创建Archive Server容器时数据不会丢失。

如果存档成功启动，请检查宿主机Wildfly服务器日志：

$ tail -f /var/local/dcm4chee-arc/wildfly/log/server.log

2017-09-03 20:34:38,934 INFO [org.wildfly.extension.undertow] (ServerService Thread Pool -- 64) WFLYUT0021: Registered web context: /dcm4chee-arc

2017-09-03 20:34:38,934 INFO [org.wildfly.extension.undertow] (ServerService Thread Pool -- 73) WFLYUT0021: Registered web context: /dcm4chee-arc/ui2

2017-09-03 20:34:38,934 INFO [org.wildfly.extension.undertow] (ServerService Thread Pool -- 81) WFLYUT0021: Registered web context: /dcm4chee-arc/xdsi

2017-09-03 20:34:39,219 INFO [org.dcm4che3.net.Connection] (EE-ManagedExecutorService-default-Thread-1) Start TCP Listener on /0.0.0.0:2575

2017-09-03 20:34:39,219 INFO [org.dcm4che3.net.Connection] (EE-ManagedExecutorService-default-Thread-2) Start TCP Listener on /0.0.0.0:11112

2017-09-03 20:34:39,253 INFO [org.jboss.as.server] (ServerService Thread Pool -- 37) WFLYSRV0010: Deployed "dcm4chee-arc-ear-5.12.0-psql.ear" (runtime-name : "dcm4chee-arc-ear-5.12.0-psql.ear")

2017-09-03 20:34:39,399 INFO [org.jboss.as] (Controller Boot Thread) WFLYSRV0060: Http management interface listening on http://0.0.0.0:9990/management

2017-09-03 20:34:39,399 INFO [org.jboss.as] (Controller Boot Thread) WFLYSRV0051: Admin console listening on http://0.0.0.0:9990

2017-09-03 20:34:39,399 INFO [org.jboss.as] (Controller Boot Thread) WFLYSRV0025: WildFly Full 10.1.0.Final (WildFly Core 2.2.0.Final) started in 9354ms - Started 2464 of 2849 services (647 services are lazy, passive or on-demand)

5.使用dcmTools工具进行发图测试

docker run --rm --network=dcm4chee_default dcm4che/dcm4che-tools:5.10.5 storescu -c DCM4CHEE@arc:11112 /opt/dcm4che/etc/testdata/dicom

你也可以通过其他发图工具如Efilm workStation,dcm4che 工具进行发图测试，

值的说明的是docker启动的默认参数如下：

AETtile:DCM4CHE

Port:11112

IP:docker 容器IP[本实例为docker创建的arc 容器IP]

发图成功后，访问DICOM归档管理界面，截图如下：

57c2fd444e35

归档截图

到这一步就完成了所有的归档服务的搭建，是不是很简答呐！

备注信息

Web Service URLs

Archive UI: http://:8080/dcm4chee-arc/ui2 - if secured, login with

Username

Password

Role

user

user

user

admin

admin

user + admin

Wildfly Administration Console: http://:9990, login with Username: admin, Password: admin.

DICOM QIDO-RS Base URL: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs

DICOM STOW-RS Base URL: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs

DICOM WADO-RS Base URL: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs

DICOM WADO-URI: http://:8080/dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/wado

IHE XDS-I Retrieve Imaging Document Set: http://:8080/dcm4chee-arc/xdsi/ImagingDocumentSource

6.停止服务和容器

# docker kill arc

# docker kill ldap

# docker kill db

蔡恩泽
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