linux 中fortran程序调用c语言程序,科学网—R中调用FORTRAN的两种方式

Fortran是最古老的计算机语言之一，是专为数值计算设计的，在过去几十年中积累了大量代码。很多情况下，人们无需用R或Python重新实现fortran中已有的算法，而是直接调用这些Fortran代码即可。相对其他编程语言，Fortran比较简单，而且很多编译器经过多次优化，代码的执行效率非常高，一般会超过C语言。虽然Fortran已经60岁了，但在涉及高性能计算的很多领域，如天文、物理、气象、统计等学科中仍发挥着重要作用。

Fortran语言的标准包括F77，F90，F95，F2003, F2008等。每一次版本调整，一般是为语言增加部分新的特性。最常用的Fortran版本为F77和F90。Fortran77版本编写的代码，扩展名为.f, 以固定格式书写；而Fortran90的源代码文件，扩展名一般为f90，以相对自由的格式书写。

本文简要介绍在R中如何调用Fortran77和Fortran90代码，最后介绍在inline程序包中编译和调用fortran代码。

在R中调用Fortran代码的基本流程是：先将Fortran用gfortran编译为shared library。在Windows下，要将fortran源代码编译为动态链接库 dll, 在Linux和Mac下编译为so文件。编译过程可通过cmd或者terminal调用gfortran(或者其他fortran编译器)实现，也可以直接在R中用system()函数调用gfortran编译。

在R中，用dyn.load()函数加载编译好的bishared library。

在R中，使用.Fortran()函数调用shared library中的代码，结果将以List的格式返回。

目标：

计算n的阶乘n!=∏nk=1k∀n≥1源代码用Fortran写成。

所需软件

方法1，编译代码后加载和调用Fortran代码

将Fortran代码编译为share library后，再用R的.Fortran函数调用。

编译和调用Fortran77代码

Fortran 77源代码C Content of file factorial.f

C FINDING THE FACTORIAL IN FORTRAN 77

SUBROUTINE FACTO1(N,ANSWER)

INTEGER N, ANSWER, I

ANSWER = 1

DO 100 I = 2,N

ANSWER = ANSWER * I

100 CONTINUE

END

Mac和Linux下的R脚本setwd("/Users/jinlong/Desktop/fortran_example/fortran77/")

system("R CMD SHLIB factorial.f")

dyn.load("factorial.so")

.Fortran("facto1",n=as.integer(5),answer=as.integer(1))

Windows下的R脚本setwd("C:\Users\jlzhang\Desktop\fortran77")

system("Rcmd SHLIB factorial.f")

dyn.load("factorial.dll")

.Fortran("facto1",n=as.integer(5),answer=as.integer(1))

编译和调用Fortran90代码

Fortran90源代码! Content of file factorial.f90

! Finding the factorial in Fortran 90

subroutine facto2(n,answer)

implicit none

integer n, answer, i

answer = 1

do i = 2,n

answer = answer * i

end do

end subroutine facto2

Linux下的R代码setwd("/Users/jinlong/Desktop/fortran_example/fortran90/")

system("R CMD SHLIB factorial.f90")

dyn.load("factorial.so")

.Fortran("facto2",n=as.integer(5),answer=as.integer(1))

Windows下的R代码setwd("C:\Users\jlzhang\Desktop\fortran90")

system("Rcmd SHLIB factorial.f90")

dyn.load("factorial.dll")

.Fortran("facto2", n=as.integer(5), answer=as.integer(1))

方法2，使用inline程序包library(inline)

fcode

integer::i

do i = 2, n(1)

res(1) = res(1) * i

end do

fcodefun

fcode, convention=".Fortran")

fcodefun(n = as.integer(5), res = as.integer(1))

若要将Fortran编写到程序包中，则需要将fortran源代码放入src文件夹中，用.Fortran()直接调用fortran中的subroutine。R程序包的源代码中是不允许有已经编译好的可执行程序的，因为这会造成安全风险以及可移植性的问题。注意，.Fortran()中的参数数据类型，必须与fortran代码中的类型一致，一般用 as.integer, as.double， as.character等转换成fortran代码能识别的数据类型。

参考资料

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