matlab生物信息学工具箱,Matlab生物信息学工具箱新增功能

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nStromaNonIBC = sum(strcmp('non-IBC', stromaGrp))

nStromaNonIBC =

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可以用样本分组标签来标记列。

stromaData = colnames(stromaData, ':', stromaGrp);

下面这个例程显示一个具体基因的归一化基因表达值的直方图，可用于研究这些基因表达值的分布。

fID = 331:339;

zValues = zscore(stromaData.(':')(':'), 0, 2);

bw = 0.25;

edges = -10:bw:10;

bins = edges(1:end-1) + diff(edges)/2;

histStroma = histc(zValues(fID, :)', edges) ./ (stromaData.NCols*bw); figure;

for i = 1:length(fID)

subplot(3,3,i);

bar(edges, histStroma(:,i), 'histc')

xlim([-3 3])

if i <= length(fID)-3

set(gca, 'XtickLabel', [])

end

title(sprintf('gene%d - %s', fID(i), stromaData.RowNames{fID(i)})) end

suptitle('Gene Expression Value Distributions')