在matlab中使用spm8,spm8处理流程.doc

spm8处理流程.doc

SPM8处理磁共振实验数据说明一、数据准备为方便后续的数据处理，如果数据分散处理后整合，建议所有处理数据路径保持一致，要统一路径。处理前首先要采用数据转换软件将DICOM数据转换成SPM解析格式，转换时格式请选择NIFTI，可用SPM输入面板中的DICOMIMPORT模块转换，也可以采用专门的转换软件，如MRICOVERT。然后进行数据预处理，预处理结束后到MATLAB安装目录中备份SPMPS文件，其中包含了空间校正和标准化的信息，然后进行建模分析。二、数据处理流程SPM8和以往版本一样，先安装MATLAB71以上版本，然后将SPM8文件夹放在MATLAB安装目录中，我们一般放在TOOLBOX文件夹中，然后启动MATLAB用菜单中设置路径命令增加SPM8的路径并保存。之后我们运行命令SPMFMRI，这样将打开SPM8的操作界面，左上侧的窗口为按钮窗口BUTTONWINDOW，左下侧的窗口为输入窗口WINDOW，右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口TREEBUILDINGWINDOWORTHEGRAPHICSWINDOW。在SPM8和SPM5中，每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板，如果一个分支项左面有“”号，你可以双击显示子分支项，如果一个分支项右面有“BATCH菜单项下，你可以在一个大文件中指定数据处理所有步骤。批处理交互界面非常灵巧。它知道根据指定的步骤将产生什么文件。例如，在TASKSBATCH,菜单项下，选择NEW“SPATIAL“。在你的SPM任务树JOBSTREE中选择HIGHLIGHTSPATIAL，并从选项面板中选择NEW“REALIGN“选项指定我们前述的REALIGNMENT的详细步骤。现在，当我们向任务树中添加标准化步骤时，我们将看见为标准化操作选择R文件的选项，尽管事实上，我们还没有真的生成R文件。所以，批处理非常智能，可以预测我们的需要。如果我们已经生成了几个批处理任务文件，我们可以使用TASKSUTILCUTEBATCHJOBS选项来运行它们。该工具允许我们选择一系列的MAT文件不一定是BATCHJOBS文件来运行。如果你怀念旧版本SPM操作界面，在TASKS菜单下，选择SEQUENTIAL，这样就不会出现树TREE，选项将会出现在SPM输入窗口。