大家好,有朋友在后台问如何用 R 绘制聚类热图,其实绘制聚类图的方法有很多,比如 MeV 软件等等,我们今天看如何用 R 来绘制聚类图。
首先我们看原始数据,原始数据有两组,每组 4 个样品,共八个样品,每个样品有 35 个 microRNA,目的是对 35 个 microRNA 和 8 个样品进行聚类。
将目标文件所在目录通过 setwd 命令设置为当前工作目录,并用 getwd() 查看目录是否设置成功;设置成功后,利用 read.table 命令读入目标文件(heatmap_example.txt,注意将文件保存为 tab 分隔的纯文件文件 txt),将第一行的样本名设置为列名(header = T),将第一列设置为行名(row.names = 1),通过 head(data) 查看文件前 6 行。
###安装软件包
install.packages("pheatmap")
install.packages("vegan")
###加载所需软件包
library(pheatmap)