hdf5 mysql,解析HDF文件 - 我爱吃葱花的个人空间 - OSCHINA - 中文开源技术交流社区...

1.系统环境

centos-6.4

Python2.6

2.安装步骤

1.检查Python版本

2.安装setuptools

原因：

安装pip时没有setuptools会显示无法安装

步骤：

下载安装包

http://zhongwei-leg.iteye.com/blog/813753

sh setuptools-0.6c11-py2.6.egg

3.安装pip

3.1下载

wget "https://pypi.python.org/packages/source/p/pip/pip-1.5.4.tar.gz#md5=834b2904f92d46aaa333267fb1c922bb" --no-check-certifica

3.2 pip安装

tar -xzvf pip-1.5.4.tar.gz

cd pip-1.5.4

python setup.py install

3.3修改pip镜像为国内镜像

cd /root/.pip/

vim pip.conf

[global]

index-url=http://pypi.v2ex.com/simple

注意为了防止以后安装出问题建议检测一下编译环境

yum install gcc*  make*

4.安装numpy

报错如下：

解决：yum install python-devel

pip install numpy

再次 pip install numpy

5.安装hdf5

5.1下载

https://github.com/live-clones/hdf5

5.2安装

https://github.com/live-clones/hdf5/blob/master/release_docs/INSTALL

Quick installationFor those who don't like to read ;-) the following steps can be usedto configure, build, test, and install the HDF5 Library, header files,and support programs. For example, to install HDF5 version X.Y.Z atlocation /usr/localf5, use the following steps.

$ gunzip $ make$ make check # run test suite.$ make install$ make check-install # verify installation.

Some versions of the tar command support the -z option. In such cases,the first step above can be simplified to the following:

$ tar zxf hdf5-X.Y.Z.tar.gz

6.安装pytsbles

pip install tables

这个报错是因为没有安装numexpr造成的

解决： pip  install numexpr

同理：pip install Cython

解决：vi /root/.bash_prefile

export HDF5_DIR=/usr/localf5   该目录是安装hdf5时./configure --prefix所指定到目录

source /root/.bash_profile

pip install tables  //安装成功

可能会出错

>>> import tables

Traceback (most recent call last):

File "", line 1, in 

File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/tables/__init__.py", line 82, in 

from tables.utilsextension import (

ImportError: libhdf5.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方案

vi /root/.bash_prefile

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/hdf5/lib/

7.安装pandas

pip install pandas

安装成功！

HDF文件详解