mysql中cd是什么意思,公共数据库告诉你为什么在癌症里面研究CD24

肿瘤细胞表面CD47蛋白与巨噬细胞和树突状细胞表面的配体信号调节蛋白α(SIRPα)结合,可以抑制由这类细胞引起的吞噬作用。循环肿瘤细胞可通过CD47表达上调来发出“不要吃我”的信号,从而实现免疫逃逸。

既然作者选择了CD24,就需要挖掘公共数据库来证明它的确很重要咯,下面我们来看作者的表演:

CD24比其它免疫检查点在癌症表达量上调更多

首先可以看表达量变化指标

Heat map of CD24 tumour to matched normal expression ratios (log2(differentially expressed genes)) compared to known immune checkpoints.

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然后看表达量指标

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上面的表达矩阵,都是可以在UCSC的XENA浏览器方便下载,批量分析,建议大家看B站视频:

在OV和BRCA表达量

这个分析就非常简单了,加上一点点临床信息即可

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生存分析统计学显著

一般来说,放在文章的图表通常是显著的,就是我们所说的阳性结果咯,实际上如果你使用的是oncolnc这样的网页工具,简单的检查CD24分组后OV的OS,就不会有这么明显的结果。

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根据图例,数据来源和统计学方法:

Relapse-free survival of patients with ovarian cancer (n = 31) (b) and overall survival of patients with

breast cancer (n = 1,080) (c) with high or low CD24 expression as defined by the median. Two-sided P value computed by a log-rank (Mantel–Cox) test. Numbers of subjects at risk in the high group (red) compared with the low group (blue) are indicated below the x axes.

使用的TCGA数据库样本

附件列的清清楚楚,包括:

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文章也描述了,就是从UCSC的XENA数据库下载

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为什么他们选择CD47呢

2009年,美国斯坦福大学医学院干细胞生物学与再生医学研究所主任Irving Weissman博士及其团队鉴定出一种以CD47形式存在的“不要吃我”信号,并且发现了几乎所有的癌细胞都在它们的表面上表达高水平的CD47蛋白分子(Cell, doi:10.1016/j.cell.2009.05.045; doi:10.1016/j.cell.2009.05.046)。他们还证实了CD47与巨噬细胞表面上的蛋白SIRPα相结合,抑制它们杀死癌细胞的能力。

2019年3月4日,研究人员在科学杂志《自然医学》上发表了一篇关于这一主题的文章。《Glutaminyl cyclase is an enzymatic modifier of the CD47- SIRPα axis and a target for cancer immunotherapy》(谷氨酰环化酶作为CD47-SIRPα信号转导途径的酶促修饰剂,也可作为常规化肿瘤免疫治疗的潜在靶点)

值得你探索哦!

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