我正在Mac OS X上安装袖扣,这是说明:
http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html
在"安装SAM工具"下,按照以下说明进行操作
下载SAM工具
将SAM工具压缩包和cd解压缩到SAM工具源目录。
通过在命令行中输入make来构建SAM工具。
选择一个目录,要将SAM工具二进制文件,随附的库libbam.a和库标头复制到该目录中。常见的选择是/ usr / local /。
将libbam.a复制到上面选择的文件夹中的lib /目录中(例如/ usr / local / lib /)
在include /目录中创建一个名为" bam"的目录(例如/ usr / local / include / bam)
将标头(以.h结尾的文件)复制到您在上面创建的include / bam目录中(例如/ usr / local / include / bam)
将samtools二进制文件复制到PATH中的某个目录。
我已经完成了7个步骤,但是我不确定如何继续执行最后一个步骤(#8):我应该使用以下命令:
sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/
或进入其他目录?步骤8中的PATH指示什么?谢谢!
为了回答您的问题,我将介绍一些基本的Linux知识,这些知识帮助我了解了二进制文件及其位置。
在Linux中,您可以通过输入二进制文件的完整路径来运行二进制文件,然后二进制文件将运行。例如,如果我在/usr/local/bin中有一个名为foo的二进制文件,则将运行命令/usr/local/bin/foo,并且将运行foo二进制文件。
PATH的目的是提供快捷方式,因此您无需键入二进制文件的完整路径,只需键入二进制文件的名称即可。 PATH是一个变量,包含所有具有要应用快捷方式的二进制文件的目录。因此,参考前面的示例,如果/usr/local/bin在我的PATH变量中,则可以只运行foo。
因此,要回答您的问题,您可以通过运行命令echo $PATH来确定PATH中的目录,并且如果其中一个目录是samtools二进制文件所在的目录,那就太好了!如果没有,您可以将samtools二进制文件移动到这些目录之一,这样就不必每次运行二进制文件时都放置完整路径。