snakemake学习笔记

什么是snakemake?

snakemake 是一个流程搭建的工具，这里主要用来记录一些snakemake的使用方法

• 对于run或者shell部分的需要使用sample变量可以使用wildcards.sample来获取
• 对于写好的模块可以使用include来载入，然后使用rule all定义所有的输出，这样运行一个总的模块就可以直接开启整个流程

rule all
    expand()

include:Filter.snakemake.py

• 指定一个config文件可以使用--configfile 参数来进行传入
• 如果只控制运行某一个rule，可以加上参数--forcerun rulex
• 做出流程图

snakemake --dag -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml |dot -Tpdf > dag.pdf
snakemake --dag -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml |dot -Tsvg > dag.svg

• rule 流程图

snakemake --rulegraph -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml |dot -Tpdf > rule.pdf

• 强制去重新运行一遍rule

snakemake -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml --forcerun filter_stat

• 指定运行的cpu数，使用-j参数
• 只打印不运行使用-n参数
• 在使用一个总的模块来将所有的模块串起来的过程中，rule all声明只能写在这个总的模块里面

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• 如下报错的原因是因为rule all里面的输出在其他的子rule里面没有做为输出
  

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使用snakemake投递任务时

snakemake --cluster 'qsub -l vf=15G,num_proc=12 -cwd -q st.q -P P18Z10200N0170 -binding linear:12' --configfile test.yaml --snakefile Denovo.stLFR.snakemake.py --jobs 6

• --jobs 能设置并行投递的任务

• 投递的命令需要加引号

• 当投递到集群，杀掉snakemake进程时，任务也会杀掉，而wdl是不会出现这种情况的

• shell里面的命令{}需要用{{}}的方式来写，与python有点类似

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