python perl 比较生信_Perl，R，Python在生物信息学中分别扮演着怎样的角色？

生物信息几乎所有软件都由linux里面的命令行，你需要python或者一种scripting language 把一个个单独的命令串成一个script，这里有三四个事儿，数据格式转换

这里是Perl和python的天下，R虽然都能干但是太慢了。

2 把命令行穿串

这里是Perl和python的天下，R 太麻烦了。以前perl用的多现在python多。

3.分析结果

这里三个都可以，但当前是R，Python的天下。现在基本上R与python并重。R和Matlab是原生的统计语言，有很多第三方的包，生态系统远比python完善，现在python在机器学习领域应该说是略显优势，但在其他领域生态系统脆弱的多。

4.画图

这里三个都可以，但当前是R，Python的天下。由于python对其余领域例如数据库，网站等要略强于R，一些web-based 交互式application上有从R向python过度的趋势。

作为一个年长的从业人员，应该是在从R+Perl过度到R+Python, 刚入行的基本上是R+Python.

因为Perl 语法太灵活，上百行的代码，即便是自己写的，隔一段时候也发现，太**难懂了。所以尽管Python后来发展的，目前要比Perl群体大一些，应该说是未来的主流。

最后我想说，半路杀出来个julia，说要歼灭 R和python，以前我不信。后来发现，尽管歼灭是完全不可能的，但某种意义上说julia确实兼备R和python的长处。无奈生态系统太不完备，用户小，第三方包太少太少。此外语法上，python用户几乎可以无缝对接