版本管理遇到的问题

公司的版本管理原来一直使用vss。
因为开发人员不是很多，所以一直凑合着使用Vss也就够了。只是随着版本的增多，感觉到版本管理越来越混乱，感觉目前在版本管理上存在几个问题（不仅仅是Vss工具的问题）：
1 Vss的安全问题（包括最新的Vs2005的Vss）：难道Vss只能用共享文件的形式来做到多个人共享文件库吗？这不是谁都可以将整个Vss库拷贝走？（这个问题困惑了我很长时间了，是不是我孤陋寡闻？还有其他的方式吗？）
2 版本分支问题：目前公司说是做产品，其实是在做项目（对应每一个客户都必须拿出单独的版本），这样最大的问题就是版本分支很多。比如我们有一个通用版本，版本号从1，2，3...20。客户A是从通用版本2分支出来的，增加了定制的A1功能；客户B是从通用版本3分支出来的，增加了定制功能B1，修改了定制功能B1'；客户C是从通用版本7分支出来的，增加了定制功能C1,C2,C3。。。。
    呵呵，目前这样的客户已经超过20个了。问题是一旦发现某个Bug，很可能这20个版本中都存在这个Bug，如何修正？是不是有什么规则或者版本管理工具能够帮助我们去修改每个版本中存在的这些问题？

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