应用ImageJ对荧光图片进行半定量分析

原文 应用ImageJ对荧光图片进行半定量分析

前言
ImageJ是个好东西……(省略1000字)
总地来说对我们的好处是:
1、免费
2、多功能,基本功能就很多,加上插件可以说得上是无限多(前提是你找得到,而且会用),真的没有的功能还能自己做个插件(一般我们倒是没这个闲功夫,基本好插件都是老外做出来的)
3、分析处理的结果比较受到普遍承认
这里是它的官网:
http://imagej.nih.gov/ij/
官网有它的原版安装包及大量插件、用户手册下载

正题
1、安装后首先打开ImageJ:
2、打开要分析图片:File>open(热键为Ctrl+O)


3、转换成8bit的灰度图:Image>Type>8-bit


4、黑白反转(因为对于光密度(OD)来说越白数值越小,纯白为0;越黑数值越大,纯黑理论上是无限大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转,不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小):Edit>Invert(热键为Ctrl+Shift+I)

以下为从左到右分别为原图、8bit灰度图及反转后的图:


5、校正光密度(软件默认为测量灰度,因此我们要改为更加适用的光密度,其中原理不是一两句话能说得清的,这里忽略):Analyze>Calibrate

在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD,并下界面左下方勾选Global calibration,然后点击右下角的OK

点击OK后会跳出校正后的光密度曲线:

如不勾选Global calibration,光密度的校正只对这张图片有效,一般分析都要分析多张图片,所以需要勾选,勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片,不勾选Disable Global Calibration,勾选Disable these Messages

6、选择测量单位(一般选择象素,如有明确的比例,也可以选择相应单位):Analyze>Set scale

点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale,并勾选下面的Global(同样的,如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效),最后点击OK

7、选择测量项目:Analyze>Set Measurements

在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density,并勾选下面的Limit to threshold(这个选项是指只测量我们选中的范围,如不勾选侧会测量整张图片数据),选择后点击OK

8、选择测量域值:Image>Adjust>Threshold(热键为Ctrl+Shift+T)

滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值,以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中,选好之后点击右下角的Set

在弹出来的界面点击OK

9、测量:Analyze>Measure(热键为Ctrl+M或直接按M)

10、记录数据并计算:

结果中的Area为选择范围的面积,如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积;IntDen就是所选范围的IOD(光密度的总和)。
结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。
用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度,以这张图片的数据为例,即:18854/179252=0.105181532(/pixel)
同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。

以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比:

从结果的对比看来ImageJ与IPP(Image-Pro Plus)的分析结果是基本一致的
posted on 2018-03-05 02:55 NET未来之路 阅读( ...) 评论( ...) 编辑 收藏

转载于:https://www.cnblogs.com/lonelyxmas/p/8507082.html

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08-24 4681
ImageJ 是一种用于分析荧光显微镜图片的流行软件之一,以下是一些基本的步骤: 1. 打开图片:在 ImageJ 中,可以通过点击“文件”菜单中的“打开”选项来打开您的荧光显微镜图片。 2. 调整图像:荧光显微镜图片通常需要进行亮度和对比度调整,以便更好地显示细节。您可以使用 ImageJ 中的“图像”菜单中的“亮度/对比度”选项来调整亮度和对比度。 3. 标定尺度:如果您需要测量荧光显微镜图片中的物体尺寸,您需要先进行标定尺度。可以使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“设置标尺”选项来进行标尺。 4. 测量大小:使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“测量”选项可以进行尺寸测量。您可以使用“直线测量”工具或“面积测量”工具来测量物体的长度或面积。 5. 分割图片:如果您需要对荧光显微镜图片中的物体进行分割,您可以使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“阈值”选项来进行分割。您可以通过调整阈值来选择要分割的物体。 6. 分析荧光强度荧光显微镜图片最重要的特征之一是荧光强度。您可以使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“荧光”选项来分析荧光强度。使用 ImageJ 中的“荧光测量”工具可以测量荧光强度。 7. 分析荧光共聚焦显微镜图片:如果您需要分析荧光共聚焦显微镜(confocal microscopy)图片,您可以使用 ImageJ 中的“图像堆栈”菜单来处理堆栈图像。您可以使用 ImageJ 中的“3D Viewer”插件来查看和分析 3D 图像。 这些是使用 ImageJ 分析荧光显微镜图片的基本步骤。ImageJ 还提供了许多其他的分析工具和插件,您可以通过阅读 ImageJ 的文档和教程来了解更多详细信息。

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