生物数据库介绍——NCBI

 

NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、Pimer-Blast、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome和相关工具、比对查看器、跟踪存档、Sequence Read Archive、BioProject、BioSample、ClinVar、MedGen、HIV-1/人类蛋白质相互作用数据库、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystem、Protein Clusters and thePubChem suite of small molecule databases，所有这些资源可以在NCBI主页找到。

Databases

Assembly

一个提供有关基因组组装结构，装配名称和其他元数据，统计报告以及基因组序列数据链接等信息的数据库。

BioCollections

一个有关培养物、动植物样本和其他自然样本的精选元数据集。 记录显示样本状态，有关馆藏的机构的信息，以及NCBI中相关数据链接。

BioProject (formerly Genome Project)

基因组学，功能基因组学和遗传学研究的集合以及其结果数据集的链接。 此资源描述项目范围，材料和目标，并提供一种机制来检索由于注释不一致，多个独立提交以及通常存储在不同数据库中的各种数据类型的不同性质而经常难以找到的数据集。

BioSample

BioSample数据库包含实验测定中使用的生物来源材料的描述。

BioSystems

根据生物关系对生物医学文献，小分子和序列数据进行分组的数据库。

Bookshelf

可直接搜索或从其他NCBI数据库中的链接数据搜索的生物医学书籍集合。 该系列包括生物医学、其他科学主题书，GeneReviews等遗传资源和NCBI帮助手册。

ClinVar

储存人类变异与观察到的健康状况之间关系的记录以及支持证据的数据库。 可以通过记录上的超链接访问 NIH Genetic Testing Registry (GTR), MedGen, Gene, OMIM, PubMed 相关信息。

ClincialTrials.gov

世界各地公开和私人支持的临床研究的登记和结果数据库。

Computational Resources from NCBI's Structure Group

一个由对NCBI计算生物学分会（CBB）结构组开发的资源的访问和链接的集中页面。 这些资源包括帮助研究大分子结构，保守结构域和蛋白质分类，小分子及其生物活性，以及生物途径和系统的数据库和工具。

Consensus CDS (CCDS)

人类和小鼠一致注释和高质量的核心蛋白质编码区域。

Conserved Domain Database (CDD)

CDD是一种蛋白质注释资源，由一系列经过充分注释的古代结构域和全长蛋白质序列比对模型组成。

Database of Genomic Structural Variation (dbVar)

dbVar数据库储存了大规模基因组变异相关的信息，包括大插入，缺失，易位和倒位。 除了分类突变之外，dbVar还存储已定义突变与表型信息的关联。

Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP)

储存基因型和表型相互作用研究结果和描述的数据库，这些研究包括全基因组关联（GWAS）、医学重测序、分子诊断，以及基因型与非临床性状之间的关联。

Database of Short Genetic Variations (dbSNP)

数据库包含单核苷酸突变、微卫星和小规模插入和缺失信息。

GenBank

NIH基因序列数据库，是所有公开可用DNA序列的注释集合。NCBI的GenBank数据库和日本DNA数据库（DDBJ），欧洲分子生物学实验室（EMBL）每天交换数据，保证数据实时跟新。 GenBank由几个部分组成，大部分序列可以通过Nucleotide数据库访问。 例外的是EST和GSS分区，分别通过Nucleotide EST和Nucleotide GSS数据库访问。

Gene

一个可搜索的基因数据库，专注于已经完全测序的基因组，并且有一个活跃的研究团体来提供基因特异性数据。基因信息包括命名法、染色体定位、基因产物及其属性（例如，蛋白质相互作用）、相关标记、表型、相互作用、引文链接、序列、突变详情、图谱、表达报告、同源物、蛋白结构域内容和外部数据库链接。

Gene Expression Omnibus (GEO) Database

公共功能基因组数据库，支持符合MIAME标准的数据提交。接受基于芯片和测序数据，并提供工具以帮助用户查询和下载实验数据并研究基因表达谱。

Gene Expression Omnibus (GEO) Datasets

存储从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库组装的基因表达和分子丰度数据集。数据集每个记录包含其他资源，包括集群工具和差异表达式查询。