gsea结果分析图怎么看_利用GSEA对基因表达数据做富集分析

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Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes).

用GSEA做富集分析是非常简单的，结果也很详细，并且直接出图；这个软件发表于2005年，一直都在不断更新和增加新的功能；软件基于的数据库Molecular Signatures Database也会根据新发表的文章进行完善。

GSEA软件版本了解

GSEA设计了操作比较简单的桌面软件；

GSEA也提供在无网络情况下的一个命令操作版本；

基于R的版本，但是2005后不再提供更新；

GenePattern平台也有GSEA模块。

GSEA软件下载与安装

根据自己电脑内存大小下载适合的版本：

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GSEA界面

1).圈1所在是导航栏，展示主要操作；

2).圈2是进度栏；当你进行分析时，查看分析进程与成功与否；成功后在此处可以查看网页版结果；

3).圈3是主页面，在此进行各种操作与分析；

GSEA运行

这儿使用P53这个例子：

p53+ 与P53突变癌细胞系的表达谱

Molecular Signatures Database C2数据基因集合

1. 下载数据

P53.cls #表型文档定义了表达文档中样品的表型标签，使用空格或tab隔开；

P53_collapsed_symbols.gct #基因表达谱数据

P53_hgu95av2.gct #基因芯片表达谱数据

GSEA软件需要的数据格式可参考：GSEA软件支