序列格式转化工具----readseq

一.软件配置：

1.下载

curl -OL http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/java/readseq.jar

2.运行方式：

java -jar readseq.jar [options]

3.改运行方式稍显麻烦，且必须在readseq.jar目录下运行，墨迹

编辑文件 vi  readseq

添加内容如下：

1 #!/bin/bash
2 
3 java   -jar  /home/biosoft/readseq/readseq.jar  $@

 

 

保存，给改文件可执行属性

chmod +x readseq

添加环境变量

echo 'export PATH=/home/biosoft/readseq:$PATH' >> ~/.zshrc

source ~/.zshrc

4.运行举例

readseq  -format=Raw  nc.fa

自动输出文件nc.fa.seq

5.批量进行格式转换

vi fa2seq.sh

1 #!/bin/bash
2 
3 for i in *.fa
4 
5 do 
6 
7 readseq -format=Raw $i
8 
9 done

 

运行：

bash fa2seq

 

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