foot.php,footprintDB:综合性的转录因子数据库

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对于转录因子而言，相关的信息有以下几种

transcription factors

DNA motifs

DNA binding sites

target genes

transcription factors表示转录因子的名称，对应的基因，家族，序列等基本信息，DNA motifs代表该转录因子结合区域的保守模式，DNA binding sites代表该转录因子实际的结合区域，target  genes代表转录因子调控的靶基因。

footprintDB是一个综合性的转录因子数据库，通过整合多个转录因子相关的数据库，最终构建出一个非冗余的数据集，在该数据库中，存储了transcription factors, DNA motifs, DNA binding sites3种信息。网址如如下

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php

该数据库整合了以下19个数据库中的信息

JASPAR

CISBP

3D-footprint

HT-SELEX2

UniPROBE

HOCOMOCO

AthalianaCistrome

HumanTF

HumanTF2

AthaMYB

FlyZinFinger

SMILE-seq

ArabidopsisPBM

Athamap

DBTBS

RegulonDB

DrosophilaTF

humanC2H2ZF-Chip

EEADannot

每个数据库的版本，转录因子数量等统计信息详见以下链接

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php?databases

数据库中的全部信息统计如下

该数据提供了检索功能，可以检索transcription factors, DNA binding Motifs, DNA binding sites的信息，示意如下

以转录因子FOXP2_HUMAN为例，结果如下

1. Transcription Factor

包含了转录因子对应的基因，物种，蛋白编号，蛋白序列， 序列, motif， binding sites 等信息。

2. DNA Binding Motif

包含了motif的编号，对应的物种，一致性序列，sequence logo, PSSM矩阵，binding  sites 等信息。

3. DNA binding Sites

包含了结合位点的编号，序列，对应的motif和转录因子等信息。

除了检索功能外，该数据库还提供了motif compare的功能，输入一个motif的PSSM矩阵或者binding区域的序列，可以将该motif与数据库中已有的motif比对，确定是否为已知的motif, 示意如下

这个功能运行时间会很久，建议提供邮箱，运行完毕后会将结果发送到与邮箱里。

通过footprinDB这种整合型的数据库，可以省去在多个数据库之间交叉检索的烦恼，提高检索效率，这种类型的数据库也是一个流行趋势，更多细节和用法请参考官网的说明文档。

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