黄学辉教授师从韩斌院士，韩是国内数量遗传学应用作物育种研究的先驱者，黄是实践者，名师出高徒的典范。
课题组网站： http://www.xhhuanglab.cn/index.html
让我们来回顾下黄老师的经典作品，看看大牛是如何炼成的。
滑窗法构建遗传图谱（2009 GR）
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Bin遗传图谱构建的方法，至今在作物界仍被广泛使用。
水稻首个单体型图谱及大规模GWAS（2010 NG）
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应该是水稻第一次大规模测序，虽然是低覆盖率的测序，构建出一张高密度的水稻基因组单倍体型图谱。结合混合模型，对517个水稻地方品种的14个农艺性状进行了全基因组关联分析。
14年前青涩的黄老师（来自官网）
全球范围水稻GWAS （2011 NG）
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扩展到全球 950个更大、更多样化的水稻和水稻亚种进行GWAS，共鉴定了32个与开花时间相关的新位点和10个谷物相关性状，表明较大的样本增加了使用GWAS检测性状相关变异的能力。为了表征各种等位基因和复杂的遗传变异，开发了一个分析框架，用于基于单倍型的水稻低覆盖率测序数据的从头组装。通过详细注释确定了 18 个相关位点的候选基因。
水稻变异图谱构建 （2012 Nature）
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从地理分布广泛的446份野生稻和1083份栽培的籼稻和粳稻品种中构建了水稻基因组变异的全面图谱，鉴定了驯化过程中发生的55个选择性清除。对驯化清除和全基因组模式的深入分析揭示了粳稻首先在中国南部珠江中游地区的特定野生稻群体中被驯化，随后籼稻是从粳稻与当地野生稻的杂交中发展而来，随着初始栽培品种传播到东南亚和南亚。通过高分辨率遗传作图分析了与驯化相关的特征。这项研究为水稻育种提供了重要资源，并为作物驯化研究提供了有效的基因组学方法。
杂交水稻及其近交亲本测序与杂种优势解析 （2015 NC）
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开发了一种综合基因组方法，为1495个优质杂交水稻品种及其自交亲本系构建了基因组图谱。研究了38个农艺性状，并鉴定了130个相关位点。对杂合基因型效应的深入分析揭示了在杂交种中只有少数位点具有强的超显性效应，但产量与优势等位基因数量之间存在强相关性。尽管大多数自交亲本系只有少数优势等位基因，但高产杂交品种则有多个。得出结论，积累大量具有正显性的罕见优势等位基因是杂种现象的重要贡献者。
水稻杂种优势位点大规模挖掘与遗传机制解析 （2016 Nature）
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通过大量的杂交稻品种材料的收集以及对多套代表性杂交稻遗传群体（来自17个代表性杂交水稻杂交的10,074个F2系）进行基因组分析和田间产量性状考察，综合利用基因组学、数量遗传学及计算生物学领域的最新技术手段，全面、系统地鉴定出了控制水稻杂种优势的主要遗传（数量性状或基因）位点，详细剖析了三系法、两系法和亚种间杂种优势的遗传机制。
首个水稻泛基因组 （2018 NG）
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通过66个不同种质的高深度测序（二代de novo），构建了首个栽培水稻和普通野生稻的泛基因组数据集，确定了水稻基因组中的2300万个序列变异及PAV。同期，水稻3KRG也利用二代构建了泛基因组。
开发QTL定位新方法GradedPool-Seq （2019 NC）
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开发了一种QTL作图方法，GradedPool-Seq（GPS），结合了高通量测序和批量分离分析（BSA）。GPS方法通过将两个特定性状差异显著的亲本创制的F2群体分成若干个性状表现各不相同的组，并对其产生的混池全基因组测序数据进行BSA分析，并最终定位QTL位置。
开发构建高密度基因型图谱的新方法OutcrossSeq （2021 MP）
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针对异交植物的三类实验群体，开发了一套构建高密度基因型图谱的新方法：OutcrossSeq，有望提高异交植物（包括多倍体）中基因分型、定位和遗传育种的效率。
开发水稻分子育种导航系统 （2021 NG）
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该研究构建了迄今为止最完善的水稻数量性状基因关键变异（causative variation）图谱，开发了一款智能化的水稻育种导航程序，为水稻遗传研究提供了全面的数量性状基因信息，建立了水稻分子设计育种新方法，有望为水稻新品种的快速培育提供技术支持。
建立水稻性状遗传解析新体系“混血杂交”群体 （2024 Science）
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建立了一个由18,421（18K）份水稻组成的永久性群体，有效降低群体结构。对亲本进行参考级别的基因组组装，并通过全基因组测序对所有18K水稻进行了基因分型。通过高分辨率定位，鉴定了96个高质量候选基因，对16个性状的变异有贡献，包括OsMADS22和OsFTL1，分别被验证为影响穗数和开花期的因果基因。同时鉴定了上位性QTL对，并构建了一个由19个基因作为中心节点的遗传相互作用网络。总体而言，我们表征了170对遮蔽性上位性对，这是影响不同品种遗传背景效应的重要因素。这项工作为指导水稻产量和质量的提高提供了基础。
- 解读见：Science | 上海师范大学黄学辉团队解析18K份水稻16个性状的遗传特征
- 故事见：上海师大，Science+1! 黄学辉团队建立水稻遗传解析新体系
- 评述见：李仕贵等：水稻“混血杂交”群体揭示遗传互作奥秘
以上只是一些经典作品，还有很多就不一一列出了。如果算上综述，黄老师已经集合了CNS大满贯，估计评上院士也是迟早的事情（同样的大牛还有严建兵老师、高彩霞老师等等）。可能有人认为这其中很多都是套路文章，殊不知，世上本无套路，模仿的人多了自然就成了套路，牛人就是开创“套路”的。
附黄老师代表作及Google Scholar引用：
作者：生物信息与育种，若要及时了解动态信息，请关注同名微信公众号：生物信息与育种。
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