基于自回避行走数值模拟的并行计算-计算机应用研究
第３１卷第４期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．３１Ｎｏ．４
２０１４年４月 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ａｐｒ．２０１４
基于自回避行走数值模拟的并行计算
１ ２，３ ２
高和蓓 ，李 洪 ，龚 斌
(１．温州职业技术学院信息系，浙江 温州３２５０３５；２．山东大学计算机科学与技术学院，济南２５０１００；３．温州
大学计算机系，浙江 温州３２５０３５)
摘 要：提出一种蒙特卡洛方法并行计算高分子的单链性质，高分子链采用自回避行走方法生成初始状态，链
节点的随机运动通过键长涨落方法进行模拟。自回避链的配分函数没有解析解，研究高分子链的性质往往要计
算大量的样本。利用样本之间的独立性进行并行计算达到线性加速比，使蒙特卡洛模拟高分子链的并行计算时
间缩短到科学计算可以接受的时间范围。
关键词：并行计算；线性加速比；自回避行走；计算机模拟
中图分类号：ＴＰ３９１．９ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００１３６９５(２０１４)０４１０３９０４
ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１４．０４．０２０
Ｐａｒａｌｌｅｌｃｏｍｐｕｔｉｎｇｂａｓｅｄｏｎｎｕｍｅｒｉｃａｌｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｏｆｓｅｌｆａｖｏｉｄｉｎｇｗａｌｋ
１ ２，３ ２
ＧＡＯＨｅｂｅｉ，ＬＩＨｏｎｇ ，ＧＯＮＧＢｉｎ
(１．Ｄｅｐｔ．ｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＳｃｉｅｎｃｅ，ＷｅｎｚｈｏｕＶｏｃａｔｉｏｎａｌ＆ＴｅｃｈｎｉｃａｌＣｏｌｌｅｇｅ，ＷｅｎｚｈｏｕＺｈｅｊｉａｎｇ３２５０３５，Ｃｈｉｎａ；２．ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ
＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＳｈａｎｄｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｊｉｎａｎ２５０１００，Ｃｈｉｎａ；３．Ｄｅｐｔ．ｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ，ＷｅｎｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＷｅｎｚｈｏｕＺｈｅｊｉａｎｇ３２５０３５，
Ｃｈｉｎａ)
Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｉｓｐａｐｅｒｐｒｅｓｅｎｔｅｄａｐａｒａｌｌｅｌＭｏｎｔｅＣａｒｌｏｍｅｔｈｏｄｆｏｒｔｈｅｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｏｆａｓｉｎｇｌｅｐｏｌｙｍｅｒｃｈａｉｎ．Ｉｔｕｓｅｄｓｅｌｆａｖｏｉ
ｄｉｎｇｗａｌｋｍｅｔｈｏｄｔｏｇｅｎｅｒａｔｅｔｈｅｉｎｉｔｉａｌｓｔａｔｅｏｆｐｏｌｙｍｅｒｃｈａｉｎ，ａｎｄｓｉｍｕｌａｔｅｄｔｈｅｒａｎｄｏｍｍｏｔｉｏｎｏｆｔｈｅｃｈａｉｎｂｙｔｈｅｂｏｎｄｆｌｕｃ
ｔｕａｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄ．Ｆｏｒｎｏａｎａｌｙｔｉｃａｌｓｏｌｕｔｉｏｎｍａｙｃａｌｃｕｌａｔｅｃｈａｉｎｐａｒｔｉｔｉｏｎｆｕｎｃｔｉｏｎ，ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓｏｆｐｏｌｙｍｅｒｃｈａｉｎｓｔｅｎｄｔｏｂｅｃａｌｃｕ
ｌａｔｅｄｂｙｌａｒｇｅｎｕｍｂｅｒｏｆｓａｍｐｌｅｓ．Ｉｔｄｅｖｅｌｏｐｅｄｐａｒａｌｌｅｌｐｒｏｇｒａｍｆｏｒｃｏｍｐｕｔｉｎｇｔｈｅｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔｓａｍｐｌｅｓｔｏｒｅａｃｈｔｈｅｌｉｎｅａｒ
ｓｐｅｅｄｕｐ．ＰａｒａｌｌｅｌｅｘｅｃｕｔｉｏｎｔｉｍｅｗａｓａｃｃｅｐｔａｂｌｅｆｏｒｐａｒａｌｌｅｌＭｏｎｔｅＣａｒｌｏｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｏｆｐｏｌｙｍｅｒｃｈａｉｎｓ．
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｐａｒａｌｌｅｌｃｏｍｐｕｔｉｎｇ；ｌｉｎｅａｒｓｐｅｅｄｕｐ；ｓｅｌｆａｖｏｉｄｉｎｇｗａｌｋ(ＳＡＷ)；ｃｏｍｐｕｔｅｒｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
模拟进行研究，线型链是高分子常用的一种简化模型，由大量
引言
相同结构的单元串联而成，一般高分子链因热运动使分子在空
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