origin做主成分分析图_Graphpad Prism也可以做主成分分析(PCA)?

这篇博客介绍了如何在Graphpad Prism中进行主成分分析(PCA),包括数据导入、参数设置、分析选项、输出结果调整等步骤,生成PCA散点图,并提供了调整图表样式的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

如果完全不想碰R语言,其实可使用Prism自带的范例数据,方法如下。

参数设置

打开软件后,通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角,新建工程文件,在弹出的向导页面表格类型选Multiple variables(只能选这一项),Data table选enter or import data into a new table,然后点Create按钮,如下图。

接下来将数据从Excel复制粘贴到表格中,表格的名字默认为Data 1,如下图。

接着点Analysis选项下的PCA分析按钮,如下,进行变量数据选择,表格中的前两列为样本编号和分组信息,这里主要对后4列数据进行降维。

然后在Options选项可设置数据的标准化方法和主成分选择方法。这里标准化方法默认为Z-score标准化,即将数据减去所在行数据的均值再除以相应标准差,而Center算法只是减去均值并未除以标准差。

这里的本文范例数据的变量较少,为了满足最终的PCA散点图绘制,我这里设置选择特征值最大的两个主成分。当然,如果你想绘制3D的PCA三点图,这里的数值可填写为3,分析结果的表格中会给出3个主成分数据,虽然Prism目前无法绘制3D图表,不过可导出数据在

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