南京大学和复旦大学都是985、双一流A类、C9成员、华东五校成员、全国知名重点大学，说实话，这两所大学能考上哪所都是非常不容易的。
下面我们先来分析一下这两所大学的优势学科：
1、世界一流建设学科：
复旦大学17个：哲学、政治学、中国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、环境科学与工程、基础医学、临床医学、中西医结合、药学、机械及航空航天和制造工程、现代语言学。
南京大学15个：哲学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理。
2、国家重点一级学科
复旦大学11个：(哲学、理论经济学、中国语言文学、新闻传播学、数学、物理学、化学、生物学、电子科学与技术、基础医学、中西医结合)
南京大学8个：(中国语言文学、数学、物理学、化学、天文学、地质学、生物学、计算机科学与技术)
3、第四轮学科评估A类学科
复旦大学23个：5个A+(哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学)，8个A(马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学、物理学、化学、工商管理、临床医学、基础医学)。10个 A-(应用经济学、社会学、外国语言文学、生物学、生态学、电子科学与技术、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合)。
南京大学：3个A+(地质学、天文学、图书情报与档案管理)，11个A(哲学、社会学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、物理学、生物学、计算机科学与技术、环境科学与工程、软件工程、工商管理)，7个A-(理论经济学、法学、数学、化学、地理学、生态学、电子科学与技术)。
结论：一流学科、重点学科、学科评估都是最权威的数据，根据以上三项对比，我们可以看出整体实力上来说，复旦大学占优势。具体到学科而言，二者共同的强势学科基本集中在理学方面，如物理学、化学、生物学等，还有中国语言文学等。两所大学最强势的学科都没有什么工科，而且它们的人文社科类学科实力也都很强。所不同的是复旦大学的医学实力绝对超过南京大学，而南京大学在天文学、地质学以及部分工科方面实力则更突出。
那么在这两所大学之间该怎么选择呢？道道老师给大家的建议如下：
1、首先看高考分数，这是最能说明高校实力的数据之一
一般情况下，复旦大学的投档线是要高于南京大学的，起码在河北是这样的，如理工本一批次复旦大学2018年是703分，2017年是689分；南京大学2018年是688分，2017年是672分。文史本一批次复旦大学2018年是684分，2017年是652分；南京大学2018年678分，是2017年是647分。理工类差距交大，文史类相对较小。
2、其次看优势学科
我觉得在分数足够的前提下，我们最好是选择某大学的最优势的学科，因为这些学科是学校发展的重点，无论在师资力量、科研实力、等方面都具有优势，当然对将来就业也非常有帮助。
3、看大学所在的地域
复旦大学位于上海，南京大学位于南京，地域上不用说自然是复旦大学更好了。虽说这两所大学可以全国就业，但是一般来说大学的影响力在其周边地区是最强的，因此考生可以考虑将来在哪里就业，从而做出选择。
这两所大学都是我国顶尖的高校，如果在这两所大学之间纠结，我觉得还是根据以上所提供的因素做参考吧。如果是我，在分数足够的前提下，我肯定是要选择复旦大学的，比较无论在学科实力还是在地域优势上，它都更突出。当然，萝卜青菜各有所爱，至于广大考生怎么选，那就看自己的取舍吧。
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