计算机在化学中的应用总结感悟,计算机在化学中的应用实践总结报告

计算机在化学中的应用实践总结报告

第十四周实践内容分子结构及化学反应式的绘制、分子结构及能量优化、化学反应机理的分子力学和量子化学计算

软件：ChemOffice 2010、Gaussian 09、MOPCA2010

第15周实践内容：复杂体系多组分定性定量分析的化学计量学方法

软件：Matlab 2012、程序：MCR-ALS(多元曲线分辨-交替最小二乘)、PLS(偏最小二乘)、SVM(支持向量机)、PCA(主成分分析)、ANN(人工神经网络)

第16周实践内容：计算机辅助药物分子设计、化学数据库与化学信息学

软件：MOE 2008、VMD、NAMD、Amber、Autodock、Matlab 2012

数据库：蛋白质晶体结构数据库、ZINC数据库

chemoffice的组成主要有ChemDraw 化学结构绘图，Chem3D 分子模型及仿真，ChemFinder 化学信息搜寻整合系统，此外还加入了E-Notebook Ultra 10.0，BioAssay Pro 10.0，量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面，ChemSAR, Server Excel, CLogP, CombiChem/Excel等等，ChemOffice Pro 还包含了全套ChemInfo 数据库，有ChemACX 和ChemACX-SC，Merck 索引和ChemMSDX等等Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执行程序可在不同型号的大型计算机，超级计算机，工作站和个人计算机上运行，并相应有不同的版本。高斯功能：过渡态能量和结构、键和反应能量、分子轨道、原子电荷和电势、振动频率、红外和拉曼光谱、核磁性质、极化率和超极化率、热力学性质、反应路径，计算可以对体系的基态或激发态执行。可以预测周期体系的能量，结构和分子轨道。因此，Gaussian可以作为功能强大的工具，用于研究许多化学领域的课题，例如取代基的影响，化学反应机理，势能曲面和激发能等等。常常与gaussview连用。软件包括很多很强大的新功能，比如系统命名法，工具板，改进的质子核磁共振的预测、质谱碎片，支持多种格式的图形文件和支持化标记语言等。将软件中的结构剪贴或者粘贴到软件中，能转化空间结构模型。软件涉及的范围包括化学作图、分子模型生成、化学数据库信息管理等，主要功能是绘制化学常用的平面图形，比如描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等图形，为化学工作者日常的教学工作和科研工作带来了很大的方便，解决了人工绘画、分析化学图形带来的不便。分子结构绘制：软件可以建立和编辑一切与化学有关的图形，主要是建立和编辑各类化学式、立体图形、对称图形、轨道、化合物的结构式、化学反应方程式等。实验装置绘制：软件提供了非常丰富的常用的实验仪器模板和各种玻璃器皿，可以很方便的用来绘制实验装置图，用户还可以根据自己的需要，自己编辑或者从外部其他文件中导入图形。分子性质预测及分析：软件可以预测分子的很多性质和参数，比如分子量、摩尔体积、元素组成比、表面张力、密度等，还可以粗略的预测质谱以及核磁共振；还提供了元素周期表，这样方便用户查询各种元素的相关