splign是NCBI中一个比对cDNA和genome的一个工具,通过splign可以很方便的找到cDNA各个外显子。Windows下安装非常简单,下载后就可以直接用了,但linux版本下运行需要一些相关的包,下面介绍一下splign在linux下的安装和使用(windows中splign的使用和linux一样)。
首先下载相应的版本,我的linux系统是ubuntu 64位的,下载Linux x64,解压”gunzip splign”,修改文件属性为可执行文件”chomd 777 splign”,试着运行一下”./splign”,一般会报错”splign: error while loading shared libraries: libpcre.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory”,那是因为缺少模块 “libpcre.so.0″, 应下载安装pcre包(pcre-8.21)。
1、安装pcre前应先检查一下有没有安装”gcc”,没有的话应先安装”gcc”,不然不能进行编译,对于ubuntu,可以直接用命令安装”sudo apt-get install gcc”。
2、解压
解压pcre
gunzip pcre-8.21.tar.gz
tar xvf pcre-8.21.tar
3、配置
cd pcre 8.21
./configure –prefix=/usr/local/pcre-8.21 –libdir=/usr/local/lib/pcre –includedir=/usr/local/include/pcre
4、编译
make
如果报错&