linux剪接软件差,linux 安装和使用NCBI剪接边界工具splign

splign是NCBI中一个比对cDNA和genome的一个工具，通过splign可以很方便的找到cDNA各个外显子。Windows下安装非常简单，下载后就可以直接用了，但linux版本下运行需要一些相关的包，下面介绍一下splign在linux下的安装和使用(windows中splign的使用和linux一样)。

首先下载相应的版本，我的linux系统是ubuntu 64位的，下载Linux x64，解压”gunzip splign”，修改文件属性为可执行文件”chomd 777 splign”，试着运行一下”./splign”，一般会报错”splign: error while loading shared libraries: libpcre.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory”，那是因为缺少模块 “libpcre.so.0″， 应下载安装pcre包(pcre-8.21)。

1、安装pcre前应先检查一下有没有安装”gcc”，没有的话应先安装”gcc”，不然不能进行编译，对于ubuntu，可以直接用命令安装”sudo apt-get install gcc”。

2、解压

解压pcre

gunzip pcre-8.21.tar.gz

tar xvf pcre-8.21.tar

3、配置

cd pcre 8.21

./configure –prefix=/usr/local/pcre-8.21 –libdir=/usr/local/lib/pcre –includedir=/usr/local/include/pcre

4、编译

make

如果报错&