生命不息计算不止 戴尔PowerEdge C6320p加速企业创新

奥巴马在 2015 年国情咨文中宣布,美国将投入2.15 亿美元启动名为“精准医疗”(Precision Medicine,PM)计划。即医疗的决策、实施等都是针对患者个体的基因信息结合其个体环境、生活方式和健康史等大数据信息的基础上进行的。今天我们看到像深圳华大基因这样的企业已经将中国的基因技术推到了世界的前沿。正如深圳华大基因股份有限公司CEO尹烨所言:“全世界无创产前基因检测做了大概500万例,每做2例就有1例是在中国做的,其中每3例就有1例是华大基因做的。从这个意义上说,中国的精准医学和基因科技已经冲到了全世界的最前面。”其背后的幕后英雄来自于对海量数据的处理——高性能计算。

目前最先进的测序仪每一次测序的数据量是1.5TB(约为150人的数据量)。面对如此大的数据处理需求,戴尔宣布推出全新的高性能计算服务器产品、云产品、软件,努力让各种规模的企业都能享受高性能计算、优化高性能计算技术所带动的创新优势。采用了英特尔®至强Phi处理器的戴尔PowerEdge C6320p服务器在并行编码、降低延迟及简化管理上拥有出色的表现。其半宽1U服务器节点至多可容纳4个节点,它可在一个2U空间中提供288个无序内核,并且节点可以集成384GB内存。通过采用至多72个无序内核的英特尔至强Phi™处理器,提供低延迟I/O(英特尔Omni-Path或Mellanox EDR InfiniBand架构)并为并行代码提供更佳的性能。戴尔大中华区高性能计算方案架构师凌巍才表示:“戴尔和哈佛大学基因领域的专家通过PowerEdge C6320p服务器搭建的测试平台,比前一个版本性能提高了很多,以前一天可以测36个基因,现在一天可以测163个基因。”

不仅如此,其软硬一体化的管理界面还提高了管理效率。华大基因生物计算HPC平台高级工程师李焱表示:“戴尔为我们提供了一个基于Java的终端方针应用管理程序,利用该程序,我们可以快速了解各个FX2节点上CMC所管理的服务器的状态,包括CPU资源占用情况,CPU温度、内存消耗量、I/O速度、系统平均功率等。同时,针对启动模块的iDRAC GUI和远程应用程序,我们获得了统一的操作界面,有效提升了我们的管理效率。”

戴尔PowerEdge C6320p服务器不仅适用于基因测序领域,戴尔大中华区企业级产品市场总监周俊杰表示,“在数据分析和科学计算上都是其用武之地。其中包含了大数据的分析、机器学习,以及机器深度学习评估系统;在科学计算里面我们看到模拟CAD、流体、基因测序、分子动力、金融风险分析、地震、天气、防御、安全,都是非常适合C6320p所面对的领域。甚至可视化和专业的渲染、AI等领域PowerEdge C6320p都是不错的选择。”

其中,在麻省理工学院林肯实验室超级计算中心(LLSC)选择戴尔为他们部署了一个648节点的高性能计算系统。麻省理工学院林肯实验室超级计算中心的全新TX-Green系统是美国东海岸最大的超算系统之一,拥有超过千兆次的浮点运算速度,该中心的计算能力得到了4倍的提升。麻省理工学院林肯实验室研究员、麻省理工学院林肯实验室超级计算中心主任Jeremy Kepner表示:“一直以来,戴尔都是非常棒的合作伙伴,使我们可以大幅提升超级计算中心的能力。戴尔高性能计算团队知识渊博、响应快速,能够在一个月内交付并部署我们的千万亿级系统并进行基准测试。一个配合默契而专注的团队能够分配恰当的资源来满足并超越客户的期望,戴尔高性能计算团队就是一个绝佳的例子。

高性能计算最主要解决的问题是大规模的并行运算以及服务器内部瓶颈的问题。英特尔高性能计算&加速器技术销售顾问杨艳国介绍:“PowerEdge C6320p服务器采用的Phi处理器的产品代号为 Knights Landing(KNL),既可以继续做协处理器,也可以单独做中央主处理器,核心数量多达72个,并支持四线程,即总计最多288个线程。”

“集成 16GB 高带宽内存(MCDRAM),内存带宽可以达到490GB 。采用的AVX-512指令集是下一代CPU的指令集,它可以更好地并行化计算,代码向量化之后其性能会提高很多。另外一个重要特性就是Intel自主设计的全新光纤互连总线Omni-Path,它的信息传输率提高7%,延迟降低17%,支持计算节点增多26%,功耗降低60%,并支持48端口切换。Phi处理器可实现高效扩展,而不会像GPU加速器等受到 PCIe 总线的限制。”

Dell HPC的愿景是让更多的人包括工程师、老师、学生、创业者都能够用得起HPC,通过创新的高性价比的解决方案推动HPC的平民化。戴尔大中华区高性能计算方案架构师凌巍才表示:“为此我们展开了三方面的合作,首先我们的用户都来自于领先领域的前沿用户,包括中科院计算机所、德克萨斯超算中心等。其次,我们与英特尔、NVIDIA、Meldanox、Bright Computing等形成了紧密伙伴关系。最后,采用模块化的方案便于户采购、部署、使用、扩展。”

本文转自d1net(转载)

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