1. 在Eclipse中的最底下的Servers视图，将所有部署的项目移除，如图所示：

2. 在该服务器上，单击鼠标右键选择“Open”,或在空白处按F3快捷键，或者是双击，打开如下的页面：

3. 在“Server Locations”处选择“Use Tomcat installation”，可以清楚的看到默认是“Use Workspace metadata”，即上边所说的目录。然后在Deploy的path处写上webapps即可，如下图所示：

修改完成之后，保存即可。这样以后的项目都会发布到tomcat下的webapps下了。

注意：1. 在Eclipse中，用这种方式发布Web项目，会将原先服务器的conf文件夹被分成为backup文件夹，自己新建立一个文件夹，来作为配置Eclipse发布的Web项目。所以还是要使用MyEclipse编写Java Web项目

        2. 有时候，server Locations项目下，什么都不可选择，你可以先删除服务器，重新添加tomcat服务器，然后右击打开，修改即可。


参考网站：

http://www.cnblogs.com/ywl925/p/3815173.html